谈脑膜炎脑膜炎大肠杆菌CE10基因组学

论文导读：白,ETT2*表达Ⅲ型分泌系统的转运蛋白和分子伴侣。同时识别了一批潜在的Ⅲ型分泌系统的效应蛋白,以而为进一步的功能探讨提供了线索。关键词：脑膜炎大肠杆菌论文比较基因组学论文分子进化论文Ⅲ型分泌系统论文本论文由www.7ctime.com,需要论文可以联系人员哦。
摘要：大肠埃希菌(Escherichia cop, E.cop),俗称为大肠杆菌,是微生物学探讨的重要方式生物之一,也是探讨细菌基因组进化的理想模型。致病性大肠杆菌主要引起宿主胃肠炎、泌尿道感染、新生儿脑膜炎(Neonatal Meningitis)等疾病。大肠杆菌CE10是一株分离自新生儿脑膜炎患儿脑脊液的致病性大肠杆菌,血清型为07:K1,种系发生分组属D组。前期探讨表明,CE10是唯一己知携带有完整Ⅲ型分泌系统的脑膜炎大肠杆菌。本探讨采取Roche/454测序技术结合传统的Sanger测序策略,在国际上率先完成了CE10株的全基因组精确图绘制,并开展了比较基因组学探讨和进化浅析。CE10的基因组由一个约5.3Mbp的环形染色体和4个质粒构成。其染色体GC含量50.6%,编码5009个蛋白、91个tRNA和7个rRNA操纵子。比较基因组探讨显示,CE10的染色体和另一株属于B2组的Kl脑膜炎大肠杆菌S88株具有约4.1Mb的共同骨架,并且基本保持线性。但是基于全基因组的进化浅析显示CE10株与一株尿道致病性大肠杆菌IAI39株非常接近。然而CE10的染色体和IAI39相比却有着着显著的大片段移位和倒置。由此我们推测,CE10和IAI39可能是近期才由共同祖先进化而来的,但是后来针对脑脊液和泌尿道不同环境的适应性进化导致了它们的基因组骨架发生了显著变化。同时,我们全面浅析了CE10基因组编码的潜在毒力因子,并发现了两个与Ⅲ型分泌系统相关的毒力岛,ETT2和ETT2*。ETT2表达组成Ⅲ型分泌系统针状复合物的结构蛋白,ETT2*表达Ⅲ型分泌系统的转运蛋白和分子伴侣。同时识别了一批潜在的Ⅲ型分泌系统的效应蛋白,以而为进一步的功能探讨提供了线索。关键词：脑膜炎大肠杆菌论文比较基因组学论文分子进化论文Ⅲ型分泌系统论文
本论文由www.7ctime.com,需要论文可以联系人员哦。目录3-5
中文摘要5-6
英文摘要6-7

1. 脑膜炎大肠杆菌CE10的基因组学探讨7-33

1.1 材料与策略7-12

1.1 菌株和核酸提取7

1.2 高通量测序7

1.3 序列拼接7-8

1.4 序列缺口填补8-10

1.5 序列验证10

1.6 基因组注释10-11

1.7 提交NCBI11-12

1.8 基因组学浅析12

1.9 比较基因组学和进化浅析12

1.10 CE10基因组中的潜在毒力因子浅析12

1.2 结果与讨论12-33

1.2.1 基因组学浅析12-21

1.2.2 比较基因组学和进化浅析21-25

1.2.3 CE10基因组中的潜在毒力因子浅析25-33

2. 文献综述33-54

2.1 基因组学33-34

2.2 微生物基因组学及微生物基因组计划34-36

2.3 生物信息学36-38

2.3.1 序列浅析37

2.3.2 基因组注释37-38

2.3.3 计算进化生物学38

2.3.4 比较基因组学38

2.4 几个基因组学的基本概念38-42

2.4.1 一致性、相似性和同源性38-40

2.4.2 趋同进化和趋异进化40

2.4.3 直系同源和旁系同源40-41

2.4.4 横向基因转移41-42

2.4.5 基因组岛和毒力岛42

2.5 基因组学探讨的常用生物信息学软件42-49

2.5.1 序列拼接软件42-44

2.5.2 基因预测软件44-47

2.5.3 序列比对软件47-49

2.6 大肠杆菌概况49-50

2.7 新生儿脑膜炎大肠杆菌K1株基因组探讨近况50

2.8 Ⅲ型分泌系统50-54

2.8.1 Ⅲ型分泌系统结构51-52

2.8.2 Ⅲ型分泌系统蛋白52

2.8.3 Ⅲ型分泌系统介导感染52-53

2.8.4 Ⅲ型分泌系统探讨中的困境53-54

参考文献54-60
发表文章60-61
致谢61-62