谈多态性牦牛FSHR基因部分序列多态性与繁殖性状关联及FSHR基因生物信息学

论文导读：4结果与浅析40-524.1牦牛基因组DNA样品的检测404.2FSHR基因PCR扩增产物结果40-424.3FSHR基因SSCP浅析结果与基因型判定42-434.4FSHR基因的序列浅析43-464.5FSHR基因多态性信息浅析46-494.6FSHR基因多态性与牦牛产犊间隔的关联浅析49-52第三部分FSHR基因生物信息学浅析52-621材料与策略52-54

1.1序列来源

摘要：目的：牦牛是青藏高原特有牛种，生活在高寒、高海拔、低氧、冰封期长的严酷自然条件下。它既可用于农耕，又可作为运输工具，还能提供一定量的乳、肉、毛绒等产品，但繁殖力低，通常两年一胎或三年两胎。由于受自然条件限制，繁殖激素受体的相关探讨较少，本探讨旨在浅析牦牛FSHR基因5’端及第一外显子的多态性，探讨其与繁殖性状的关联性，为以遗传角度上解决牦牛产犊间隔过长的不足提供参考。并浅析FSHR基因的生物学特点，为提升其繁殖能力奠定论述基础。实验策略：（1）以4个种群的667头牦牛为探讨对象，运用PCR-SSCP策略检测FSHR基因的多态性。（2）运用用最小二乘法浅析雌性个体该基因多态性与产犊间隔的联系。（3）利用生物基因组学数据库，对FSHR基因进行生物信息学浅析，以预测FSHR基因编码产物的理化性质、结构与功能，同时构建FSHR同源系统进化树。结果：（1）三个扩增片段共获得了牦牛FSHR基因940bp的序列，由5’端和第一外显子组成，与其它哺乳动物的对应序列有较高的同源性。（2）共发现9处突变位点，其中一处位于开放阅读框内，但属于同义突变。（3）不同种群间的产犊间隔差别显著（P＜0.05）；FSHR基因不同基因型对产犊间隔影响差别不显著（P＞0.05），但AB、LL、LM、LN及RT基因型均有缩短牦牛产犊间隔的走势。（4）FSHR基因编码产物为疏水性跨膜蛋白，具有显著的信号肽，其切割位点位于17-18位的氨基酸之间，二级结构主要以α-螺旋与无规则卷曲为主，并主要在质膜中发挥生物学作用，跨膜区域分为跨膜域、胞外域和胞内域3部分。（5）序列浅析表明，FSHR编码产物可能具有离子通道、运载体、受体、信号转导和阳离子通道等功能，在离子跨膜与信号传递历程中发挥重要作用，并对黄牛的激素调节有影响。FSHR基因编码产物系统进化树表明，黄牛FSHR与水牛、成都麻羊、绵羊等物种FSHR遗传距离较近，具有高度同源性。结论：本探讨为继续浅析FSHR基因与繁殖性状的关联奠定了探讨基础，并为牦牛繁殖分子标记辅助育种提供了一定论述依据。同时对生物信息学探讨，将有利于对FSHR基因及其编码蛋白功能的进一步探讨。关键词：牦牛论文FSHR基因论文多态性论文繁殖性状论文关联浅析论文生物信息学论文
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Summary5-7
目录7-10
第一部分 文献综述10-31
1 牦牛概况10
2 FSHR 的探讨进展10-16

2.1 FSH 介绍10-11

2.2 FSHR 分子结构11-13

2.3 FSHR 表达与功能13-14

2.4 FSHR 多态性与繁殖性状的关联14-16

3 分子标记技术的探讨进展16-18

3.1 RFLP 标记16-17

3.2 RAPD 标记17

3.3 微卫星 DNA 标记17

3.4 DNA 指纹标记17

3.5 AFLP 标记17-18

3.6 SNP 分子标记18

3.7 PCR-SSCP 标记18

4 生物信息学的探讨进展18-19

4.1 生物信息学概况18-19

4.2 生物信息学的探讨内容19

5 探讨的目的与作用19-21
参考文献21-31
第二部分 牦牛 FSHR 基因部分序列多态性及其与繁殖性状的关联浅析31-52
1 实验材料与探讨策略31-33

1.1 实验材料31

1.2 主要试剂31

1.3 主要仪器设备31-32

1.4 数据浅析软件32

1.5 溶液试剂的配制策略32-33

2 主要实验操作步骤33-38

2.1 基因组 DNA 的提取策略及检测策略33-35

2.2 FSHR 基因的 PCR 扩增35-36

2.3 FSHR 基因的 SSCP 实验步骤36-38

3 资料的统计与浅析38-40

3.1 基因频率和基因型频率的计算38

3.2 基因的多态性信息浅析38-40

3.3 基因型分布的独立性检验40

3.4 FSHR 基因多态性与牦牛产犊间隔的关联浅析40

4 结果与浅析40-52

4.1 牦牛基因组 DNA 样品的检测40

4.2 FSHR 基因 PCR 扩增产物结果40-42

4.3 FSHR 基因 SSCP 浅析结果与基因型判定42-43

4.4 FSHR 基因的序列浅析43-46

4.5 FSHR 基因多态性信息浅析46-49

4.6 FSHR 基因多态性与牦牛产犊间隔的关联浅析49-52

第三部分 FSHR 基因生物信息学浅析52-62
1 材料与策略52-54

1.1 序列来源52

1.2 软件工具52-53

1.3 策略53-54

2 结果54-62

2.1 FSHR 基因开放阅读框浅析54-55

2.2 FSHR 编码产物的理化性质浅析55

2.3 FSHR 基因编码产物疏水性/亲水性预测和浅析55-56

2.4 FSHR 基因编码产物信号肽浅析56

2.5 FSHR 编码产物亚细胞定位浅析56-57

2.6 FSHR 编码产物结构功能预测与浅析57-58

2.7 FSHR 编码产物跨膜区域的预测与浅析58

2.8 FSHR 编码产物的二级结构预测58-59

2.9 FSHR 编码产物的结构预测59-60

2.10 FSHR 编码产物序列同源性浅析60-62

第四部分 浅析与讨论62-69
1 样本的采集与基因组 DNA 提取62-63

1.1 样本的采集62

1.2 基因组 DNA 提取62-63

2 PCR 扩增的影响因素63-64

2.1 引物63

2.2 模板63

2.3 退火温度63

2.4 镁离子浓度63

2.5 Taq DNA 聚合酶63-64

2.6 循环次数64

3 PCR-SSCP 技术影响因素浅析64-65

3.1 PCR 产物64-65

3.2 电泳片段大小65

3.3 聚丙烯酰胺凝胶成分65

3.4 电泳条件65

3.5 染色与带型判定65

4 牦牛 FSHR 基因部分序列的多态性浅析65-66
5 多态性与繁殖性状的关联浅析66-67
6 FSHR 基因的生物信论文导读：息学浅析67-69第五部分结论69-70参考文献70-75致谢75-76个人介绍76-77导师介绍77-79上一页12
息学浅析67-69
第五部分 结论69-70
参考文献70-75
致谢75-76
个人介绍76-77
导师介绍77-79