简述荟萃结合生物信息学及生物学实验筛选并鉴定前列腺癌转移抑制基因

论文导读：选肿瘤转移抑制基因进行筛选,并结合生物学实验对目标候选基因在前列腺癌中的生物学行为进行鉴定,从期发现新的前列腺癌转移抑制基因。材料和办法：1.候选前列腺癌转移抑制基因的筛选1.1验证BRMet50这个新的基因标记对前列腺癌预后的预测准确性我们选取已发表的3个数据集,共有957例前列腺癌患者,这些患者具有几种不同的前列腺癌
摘要：背景与目的：在美国,前列腺癌是最常见的非皮肤恶性肿瘤,占所有恶性肿瘤的29%,且是肿瘤导致死亡的第二位。2012年,大约有241,740男性诊断为前列腺癌,28,170男性死于前列腺癌。多数肿瘤相关的死亡和几乎所有的前列腺癌引起的死亡均与转移而非原位肿瘤负荷有关。由此,减少前列腺癌的病死率依赖于揭示肿瘤转移的生物学机制如发现参与肿瘤转移历程的基因等,以而制定相应的临床预防对策。有大量的探讨表明有着着一批可从抑制或推动肿瘤转移的基因,被称为肿瘤转移调节基因。它们可从大体分为转移推动基因和转移抑制基因。转移推动基因推动肿瘤细胞以无转移性到具有转移性的改变。转移抑制基因可从单纯抑制肿瘤的转移而不影响原位肿瘤的生长。要发现候选前列腺癌转移调节基因最直接的办法是在对应着不良预后的前列腺癌样本中,通过对转录信息的分析找到一组差别表达基因(基因标记)。但是单个探讨常常缺乏统计学信度、信息不建全、低质量等缺点。这些缺陷可从通过综合相关的不同的独立探讨进行荟萃分析从增多样本,减少错误得从克服。目前,用来行荟萃分析的已公开发表的具有临床存活率数据的前列腺癌基因表达信息尚有限。由此,我们课题组转而使用已公开发表的丰富的乳腺癌基因表达及临床资料信息进行了荟萃分析。该分析使用一个新的从数据相似性基础的办法对223个探讨数据集,包含10,581名乳腺癌患者的数据进行了相似性整合。即将每个单个探讨的数据集根据数据相似性分类后,整合成为大的具有可重复性、同一性的数据,以而发现新的更为准确的基因标记。然后使用21个新的包含6,011名乳腺癌患者及1,110名肺癌、前列腺癌等其它恶性肿瘤患者的探讨数据集,对我们所发现的新的基因标记进行验证。验证标准为该新的基因标记对癌症患者存活率的预测准确性。在该荟萃分析中,根据数据相似性,633个肿瘤标记被整合成了121个肿瘤标记。以该121个肿瘤标记中,我们发现了11个代表了高度恶性肿瘤行为的标记,并以中筛选了50个相关基因,命名为BRmet50。经过验证,BRmet50是一个良好的肿瘤基因标记,能够较从往的肿瘤基因标记更为准确的预测乳腺癌患者的预后,且与肿瘤患者的常用的临床和病理参数相独立。另外,该基因标记不仅仅局限于对乳腺癌患者预后的准确预测性,对前列腺癌、肺癌患者的预后亦能准确预测。BRmet50中含有11个候选肿瘤转移抑制基因,39个候选肿瘤转移推动基因,本探讨拟使用生物信息学办法对其中的11个候选肿瘤转移抑制基因进行筛选,并结合生物学实验对目标候选基因在前列腺癌中的生物学行为进行鉴定,从期发现新的前列腺癌转移抑制基因。材料和办法：1.候选前列腺癌转移抑制基因的筛选1.1验证BRMet50这个新的基因标记对前列腺癌预后的预测准确性我们选取已发表的3个数据集,共有957例前列腺癌患者,这些患者具有几种不同的前列腺癌预后转归结果(复发,远处转移或死亡),这三个预后结果被分别用来作为临床终点进行存活分析。分析的结果用来验证BRMet50这个新的基因标记预测前列腺癌患者预后的准确性；1.2筛选最具肿瘤转移抑制基因特征的候选基因在BRMet50中含有50个基因。其中有11个基因表达下调,这11个基因是候选肿瘤转移抑制基因。我们选取了10个已发表的关于正常或患病前列腺组织的基因表达数据进行探讨。在每个探讨数据中,我们对11个候选基因在前列腺癌患者实验组和对照组之间的差别表达进行了分析(增高或下降)。然后选取在这些数据中差别表达状况最为一致的基因。1.3选取1.2中差别表达状况最为一致的的候选基因,对其在前列腺癌正常组织、前列腺癌组织及前列腺癌各细胞系中的表达状况进行了观察,从初步验证其表达谱是否符合前列腺癌转移抑制基因特点,如符合则对其进一步重点探讨,从期鉴定其为前列腺癌转移抑制基因。2.候选前列腺癌转移抑制基因的鉴定2.1选取合适的带有生物荧光标记的前列腺癌细胞系；2.2确定候选基因过表达载体,建立稳定的过度表达候选基因的前列腺癌细胞系；我们选取逆转录病毒载体,该载体能携带目的基因与宿主细胞基因组重组,以而达到稳定表达的目的。2.3标准体外实验探讨候选基因表达对前列腺癌细胞系PC3及ARCaPM的细胞增殖、迁移及侵袭性的影响(每种实验至少重复3次)：2.

3.1细胞增殖实验2.2软琼脂集落形成实验2.3细胞伤口愈合实验2.论文导读：

3.4Transwell小室迁移实验2.3.5Transwell侵袭实验2.4动物模型体内实验探讨候选基因对前列腺癌细胞系PC3在实验动物体内生长、转移的影响(每个转移模型实验至少重复2次)：重度免疫缺陷小鼠(SCID小鼠)随机分为两组,分别注射两种细胞PC3-luc/EV(空对照)和PC3-luc/候选基因(候选基因过表达细胞系)。所注射PC3细胞系中含有萤火虫荧光素酶(Luciferase)标记。然后运用活体成像体系(IVIS-200)定期对小鼠体内肿瘤生长状况进行测定,并运用软件对每只小鼠全身荷瘤量进行计算。小鼠接近死亡时,处理小鼠,对各解剖器官(软组织器官和骨等)进行荧光检测,统计转移率,并对两组小鼠的存活曲线进行分析。2.4.1原位异种移植小鼠前列腺癌原位转移模型(Orthotopic,OX模型)10周龄SCID小鼠随机分为两组(5只实验组小鼠,5只对照组小鼠)：PC3-luc/EV注射组和PC3-luc/候选基因注射组。通过一个下腹正中手术切口,显微镜下将PC3-luc/EV或PC3-luc/候选基因细胞(3x105,30ul)混合胶原凝胶种植于前列腺前叶。其中PC3细胞的悬液随着胶原蛋白的凝固而成为了半固体,可从大大减少腹腔种植几率。然后,我们将前列腺前叶的切口关闭,让固体凝胶块留在前叶里面的管腔内。2.4.2心脏注射小鼠前列腺癌全身转移模型(Intra-Cardiac,IC模型)将6-8周龄SCID雄性小鼠随机分为两组(5只实验组小鼠,5只对照组小鼠)。将PC3-luc/EV或PC3-luc/候选基因细胞(5×105),重新悬浮于100ul PBS中,并缓慢注入小鼠心脏左心室内。结果：1.前列腺癌转移抑制候选基因筛选结果：1.1基因标记BRmet50准确的预测了被检测的3个前列腺癌数据集中前列腺癌患者的预后结果(P0.001)。1.2基因SPARC pke1(SPARCL1)在10个数据集实验组和对照组中的表达显示了最为一致的体现。SPARCL1被发现在正常前列腺组织或良性的前列组织中上调表达,而在前列腺癌组织,高级别前列腺癌(T3B),高Gleason评分(GS7)前列腺癌肿瘤,雄激素非依赖性(AI)状态或转移性前列腺癌中下调表达。1.3蛋白SPARCL1表达水平在前列腺癌组织中比较良性前列腺组织显著下调。在代表前列腺癌的恶性细胞系如LNCaP、ARCaPM、PC3中的表达检测不到。与此相反,在代表正常的良性前列腺组织的细胞系中(NHPrE1)高表达。2.前列腺癌转移候选基因鉴定结果：实验细胞系准备及候选基因过表达结果：2.1由美国密歇根大学医学院K. Pienta博士所赠的PC3-Luc细胞带有萤火虫荧光素酶(Luciferase)标记,能够与底物luciferin相互意义发出生物荧光被探测到。2.2我们运用pBMN-I-GFP逆转录病毒转染载体,成功构建pBMN-I-SPARCL1-GFP载体,并成功将SPARCL1基因开放读码框片段与宿主细胞PC3-Luc、ARCaPM等重组整合,成为PC3-Luc/SPARCL1ARCaPM/SPARCL1细胞等实验组细胞系及PC3-Luc/EV、ARCaPM/EV等对照组细胞系,前者能稳定过表达SPARCL1蛋白。体外实验结果：2.3.1细胞增殖实验PC3-Luc/SPARCL1细胞与PC3-Luc/EV细胞两组细胞系在24小时和48小时等时间点增值率均无统计学差别；2.3.2软琼脂集落形成实验结果显示PC3-Luc/SPARCL1细胞与PC3-Luc-EV细胞两组形成的集落数目、大小无显著设统计学差别。2.3.3细胞伤口愈合实验显示实验组PC3-luc/SPARCL1的细胞(伤口愈合封闭百分比,15%,相比对照组(PC3-luc/EV,33%)存在明显下降(P=3.2×10-7)。2.3.4PC3-Luc/SPARCL1较PC3-Luc/EV细胞在transwell小室迁移实验中抑制率为64%,ARCaPM/SPARCL1细胞较ARCaPM/EV细胞在transwell小室迁移实验中的抑制率为67%。2.3.5实验48小时后,在transwell小室侵袭实验中PC3-Luc/SPARCL1比较PC3-Luc/EV细胞的侵袭性明显降低(P=0.008)；ARCaPM/SPA论文导读：
RCLl比较ARCaP/EV的侵袭性也明显降低(P=0.022)动物实验结果：2.4.1全身荷瘤及局部器官侵袭程度：在OX(8只实验组小鼠,10只对照组小鼠)和IC(8只实验组小鼠,10只对照组小鼠)两个模型小鼠中,植入PC3-luc/SPARCLl细胞的实验组小鼠显示了较小的原发肿瘤区域和转移肿瘤区域,相对比而言,空载体对照小鼠(PC3-Iuc/EV),具有较强烈的荧光素酶活性(全身或各解剖器官包括肝、肾上腺、胰腺、脾脏、骨等)。其中转移性溶骨性病变,均经X射线图像证实。2.4.2原位及转移瘤肿瘤细胞的确认我们运用GFP(PC3-LUC细胞标记)免疫组化染色证实了原位肿瘤及转移瘤细胞均起源于PC3细胞(PC3-luc/EV和PC3-luc/SPARCLl),并发现他们具有一个类似的侵袭性肿瘤细胞生长方式。2.4.3SPARCLl对原位肿瘤体积大小的影响为确定SPARCLl是否抑制原位肿瘤的生长,我们对PC3-luc/EV和PC3-luc/SPARCLl两组小鼠的最终原位肿瘤体积进行了测量和对比。数据显示出两组具有类似的肿瘤体积(P0.05)2.4.4实验组与对照组全身荷瘤量的比较我们使用标准化办法,计算了各小鼠每周的全身荧光强度(反映肿瘤总负担)。结果表明,在OX模型小鼠中,以第2-6周,PC3-luc/SPARCL组的平均全身荧光强度较PC3-luc／EV组低约4-7倍(P0.001)。与此一致的是,在IC模型中,肿瘤细胞注射后第5周的全身局部骨转移数量比较中PC3-luc/SPARCL1组较PC3-luc/EV组也显著为少(P=0.04)2.4.5SPARCL1蛋白对小鼠存活时间的影响我们使用Kaplan-Meier存活曲线,从评估OX模型实验组和对照组的整体的存活状况。结果表明,PC3-luc/SPARCL1组小鼠和PC3-luc/EV组小鼠在总存活期有着着明显差别(P0.0001)。总体而言,接种PC3-luc/SPARCL1细胞的小鼠生存多两个星期左右的时间,在60天时,PC3一luc/SPARCLl组小鼠体现出100%的生存率,而对照组小鼠(PC3-luc/EV)的则为0%。2.4.6SPARCL1蛋白的表达抑制前列腺癌肿瘤转移为进一步观察SPARCL1对肿瘤进展及转移中的影响,我们对OX和IC两个模型中,PC3-luc/EV组和PC3-luc/SPARCL1组小鼠的转移率及在各器官中的分布进行了统计。在这两种模型中，PC3-luc/EV和PC3-luc/SPARCL1细胞均能够发生内脏转移,在各种不同的软组织部位如肝脏、肺脏、肾上腺、胰腺、脾等。另外在IC模型中,PC3-luc/EV PC3-luc/SPARCL1都可能蔓延到骨,并形成溶骨。处死小鼠后,对两个模型中由PC3-luc/EV和PC3-luc/SPARCL1细胞导致的转移点的探测表明,PC3-luc/SPARCL1组小鼠,无论是软组织还是骨骼转移的频率均低于PC3-LUC/EV组小鼠。两组相比,PC3-luc/SPARCL1显著降低最终内脏转移总数,更具体地说,在OX模型(P=0.01)低27%在IC模型中(P0.001)低45%。在IC模型中,两组主要长骨中的转移数目具有统计学差别,PC3-luc/SPARCL1组较PC3-luc/EV显著降低骨转移数目(P=0.04)结论：1.使用生物信息学办法,发现SPARCL1非常符合前列腺癌转移抑制基因特点；2.SPARCL1蛋白不能抑制体外前列腺癌细胞系增殖、锚定生长,不能抑制前列腺癌在小鼠体内的原位生长；3.SPARCL1蛋白能够抑制体外前列腺癌细胞系的迁移、侵袭,能够抑制前列腺癌细胞系在小鼠体内的转移,延长带瘤小鼠生存时间等；综合先前的基因表达荟萃分析结果及临床资料和传统的体内、体外实验办法,我们发现SPARCL1符合肿瘤转移抑制基因的特性,初步鉴定其为前列腺癌转移抑制基因,具体机制尚需进一步探讨。关键词：荟萃分析论文前列腺癌论文BRmet50论文转移抑制基因论文
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CONTENTS5-6
中文论文导读：摘要6-12ABSTRACT12-21背景与目的21-24材料与办法24-31结果31-36讨论36-42结论42-43附录43-50参考文献50-62攻读学位期间发表的论文62-63学位论文评阅及答辩状况63-64外文论文164-86外文论文286-105外文论文3105-113致谢113上一页1234
摘要6-12
ABSTRACT12-21
背景与目的21-24
材料与办法24-31
结果31-36
讨论36-42
结论42-43
附录43-50
参考文献50-62
攻读学位期间发表的论文62-63
学位论文评阅及答辩状况63-64
外文论文164-86
外文论文286-105
外文论文3105-113
致谢113