试谈基因芯片EBV相关淋巴瘤动物模型差别表达基因筛选学术
最后更新时间：2024-03-15
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论文导读：和正常淋巴细胞（N）的差别基因表达谱。2．差别表达基因的生物信息学浅析GeneOntology分类的BP浅析显示，共30个上调基因参与27个BP分类，其中与细胞周期和有丝分裂相关的“cellcycle”,“cellcyclephase”,“nucleardivision”,“mitosis”,“Mphaseofmitoticcellcycle”,“cellcycleprocess”,“organellefission”,
摘要：目的：检测浅析Scid小鼠体内EBV相关淋巴瘤和正常人淋巴细胞两者宿主细胞的差别表达基因，筛选EBV诱发淋巴瘤的候选关键基因，探讨EBV相关淋巴瘤发生的可能分子机制。策略：采集健康献血员新鲜血液样本，分离出人淋巴细胞，分别保存正常淋巴细胞，复制Scid小鼠体内EBV相关淋巴瘤模型。采取4×44K的Agilent人类全基因组表达谱芯片进行检测，浅析Scid小鼠体内EBV相关淋巴瘤和正常人淋巴细胞的差别表达基因，筛选出fold change≥2的基因为表达显著上调基因，Fold change≤0.5为表达显著下调基因。运用GO分类、KEGG代谢通路、Biocarta和Reactom调控通路及DID在线软件对差别基因进行功能聚类及通路浅析，并结合STRING、Cytscape浅析差别基因的相互作用，预测差别基因的生物学功能。结果：1、病理学诊断Scid小鼠体内诱发肿瘤为弥漫细胞淋巴瘤，且PCR证实此淋巴瘤为人源性，成功复制体内EBV相关淋巴瘤实验模型。6例样本标准化数据均采取LIMMA、BRB-Random Variance Model、SAM软件筛选差别表达基因，以PDR0.001共筛选出差别表达探针3928个。将未映射到HUGO的Probe剔除，再选取fold-change2倍变化视为表达差别显著，共筛选出202个差别表达基因，其中上调基因44个，下调基因158个，系统构建了6例同源EBV相关淋巴瘤（T）和正常淋巴细胞（N）的差别基因表达谱。2．差别表达基因的生物信息学浅析Gene Ontology分类的BP浅析显示，共30个上调基因参与27个BP分类，其中与细胞周期和有丝分裂相关的“cell cycle”,“cell cycle phase”,“nucleardivision”,“mitosis”,“M phase of mitotic cell cycle”,“cell cycle process”,“organellefission”,“M phase”和“mitotic cell cycle”等10个GO BP分类的EASE score最低，均2.6E-09。上调基因CDC6, KIFC1, OIP5, NCAPG, KIF15, BUB1, CDCA2,AURKA, CEP55, PBK参与多个与细胞周期相关的生物历程。126个下调基因参与11论文导读：e”进行Pathway浅析显示，当EASEScore0.05时，上调基因中不参与“KEGG-pathway”，2个基因参与1条“Bio上一页1234下一页
6个BP分类，其中“inflammatory response”,“response to wounding”,“immune response”,“defense response”,“taxis”,“chemotaxis”,“regulation ofsecretion”,“behior”,“anti-apoptosis”和“protein kinase cascade”的EASE Score得分最低，均1.6E-04。下调基因C2, CCL2, CXCL5, CXCL2, TLR2, FCN1,LILRA5, IL1RAP, IL1B, THBS1, CFD, PTX3, FCGR3A, IL1A, IL1RN等主要与细胞损伤、炎症反应、免疫应答等生物学历程相关。25个上调基因参与13个MF分类，其中主要涉及核酸结合活性，如“ATPbinding”,“adenyl ribonucleotide binding”,“adenyl nucleotide binding”,“purinenucleoside binding”和“nucleoside binding”的EASE Score得分最低，均0.006。参与多个分子功能的基因有CDC6, KIFC1, KIF15, BUB1, AURKA,PBK,TOP2A, GSG2, RAD51。123个下调基因参与12个MF分类，其中主要涉及分子信号与细胞因子受体结合，如“carbohydrate binding”,“cytokine binding”,“polysaccharide binding”,“protein binding”和“glycosaminoglycan binding”,“cytokine activity”“,interleukin-1receptor binding”的EASE Score的得分最低，均0.001。参与多种分子功能的基因有SELP, TNFAIP6, CCL2, C6ORF25, TLR2,PTX3, THBS1, NLRP3, IL1RN, IL1B, IL1A。利用“KEGG Pathway”,“BioCarta”和“Reactome”进行Pathway浅析显示，当EASE Score0.05时，上调基因中不参与“KEGG-pathway”，2个基因参与1条“Bio论文导读：TGFB1和FOS，其中EGF,IL1B,PB上一页1234下一页
Carta-pathway”，5个基因参与1条“Reactome-pathway”；下调基因中64个基因参与7条“KEGG-pathway”，30个基因参与1条“BioCarta-pathway”，33个基因参与2条“Reactome-pathway”。将上调和下调差别表达基因涉及的生物学功能进行“Functional AnnotationClustering”浅析，结果显示上调基因涉及的生物学功能分类聚成15个集合，其中富集分数最高的功能集合主要涉及细胞周期和细胞分裂；下调基因涉及的生物学功能分类聚成63个集合，富集分数最高的功能集合主要涉及细胞趋向性、细胞成分及蛋白、多糖结合活性。利用STRING、Cytoscape、PATHWAY及GO分类等生物信息学软件综合浅析202个差别表达基因（上调44个，下调158个），对此202个基因进行生物学功能浅析及预测，上调基因CDC6, KIFC1, OIP5, NCAPG, KIF15, BUB1, CDCA2,AURKA, CEP55, PBK等主要参与细胞周期、有丝分裂等生物学历程；上调基因TNFR13B, TNFR17, CXCL9，下调基因C2, CCL2, FOS, EGF, IL1A, IL1B,DUSP6等则与肿瘤相关信号通路密切相关，如Inflammation，Angiogenesis，MAPKsignal pathway，Adherens junction，NOD-pke receptor signapng pathway等；下调基因C2, CCL2, CXCL5, CXCL2, TLR2, FCN1, LILRA5, IL1RAP, IL1B, THBS1,CFD、PTX3, FCGR3A, IL1A, IL1RN等主要与细胞损伤、炎症反应、免疫应答等生物学历程相关，如“response to wounding”,“inflammatory response”,“immuneresponse”。本实验结合上面陈述的多种生物信息学浅析结果显示，15个差别表达基因在蛋白网络中处于中心位置，包括EGF, IL1B, PBK, C2, TLR2, DUSP6, HDC,CD68, TREM1, IL1A, CCL2, SPI1, PLAU, TGFB1和FOS，其中EGF, IL1B, PB论文导读：#GetFullDomain},需要论文可以联系人员哦。主要英文缩略语索引5-6中文摘要6-9Abstract9-13前言13-15材料和策略15-23技术路线23-24结果24-46讨论46-54结论54-55参考文献55-61综述61-74参考文献(References)71-74攻读硕士学位期间完成、发表论文情况74-75致谢75
K,C2, TLR2这5个基因在度数和介度中的排名均靠前，我们推测EGF, IL1B, PBK,C2和TLR2可能是导致EBV相关淋巴瘤发生的关键分子。3.综合信号通路、基因生物学分类、基因间相互作用浅析及已有文献报道，提示EBV可能上调宿主细胞PBK基因推动细胞增殖，下调宿主细胞EGF基因发挥抗凋亡作用，下调宿主细胞IL1β, C2, TLR2基因等降低细胞免疫能力，以而导致EBV相关淋巴瘤的发生。结论：1、系统构建了体内EBV相关淋巴瘤和正常人淋巴细胞的差别基因表达谱，发现淋巴瘤细胞和正常淋巴细胞的基因表达方式有着显著差别。2、生物信息学浅析筛选出202个差别表达基因，包括44个上调基因和158个下调基因，表明EBV相关淋巴瘤的发生是一个多基因参与，多通路涉及、病毒基因与宿主基因相互作用的历程。3、推测EGF, IL1β, C2, PBK和TLR2可能是导致EBV相关淋巴瘤发生的关键分子。关键词：EBV论文淋巴细胞论文EBV相关淋巴瘤论文基因芯片论文Scid小鼠论文
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中文摘要6-9
Abstract9-13
前言13-15
材料和策略15-23
技术路线23-24
结果24-46
讨论46-54
结论54-55
参考文献55-61
综述61-74
参考文献(References)71-74
攻读硕士学位期间完成、发表论文情况74-75
致谢75
摘要：目的：检测浅析Scid小鼠体内EBV相关淋巴瘤和正常人淋巴细胞两者宿主细胞的差别表达基因，筛选EBV诱发淋巴瘤的候选关键基因，探讨EBV相关淋巴瘤发生的可能分子机制。策略：采集健康献血员新鲜血液样本，分离出人淋巴细胞，分别保存正常淋巴细胞，复制Scid小鼠体内EBV相关淋巴瘤模型。采取4×44K的Agilent人类全基因组表达谱芯片进行检测，浅析Scid小鼠体内EBV相关淋巴瘤和正常人淋巴细胞的差别表达基因，筛选出fold change≥2的基因为表达显著上调基因，Fold change≤0.5为表达显著下调基因。运用GO分类、KEGG代谢通路、Biocarta和Reactom调控通路及DID在线软件对差别基因进行功能聚类及通路浅析，并结合STRING、Cytscape浅析差别基因的相互作用，预测差别基因的生物学功能。结果：1、病理学诊断Scid小鼠体内诱发肿瘤为弥漫细胞淋巴瘤，且PCR证实此淋巴瘤为人源性，成功复制体内EBV相关淋巴瘤实验模型。6例样本标准化数据均采取LIMMA、BRB-Random Variance Model、SAM软件筛选差别表达基因，以PDR0.001共筛选出差别表达探针3928个。将未映射到HUGO的Probe剔除，再选取fold-change2倍变化视为表达差别显著，共筛选出202个差别表达基因，其中上调基因44个，下调基因158个，系统构建了6例同源EBV相关淋巴瘤（T）和正常淋巴细胞（N）的差别基因表达谱。2．差别表达基因的生物信息学浅析Gene Ontology分类的BP浅析显示，共30个上调基因参与27个BP分类，其中与细胞周期和有丝分裂相关的“cell cycle”,“cell cycle phase”,“nucleardivision”,“mitosis”,“M phase of mitotic cell cycle”,“cell cycle process”,“organellefission”,“M phase”和“mitotic cell cycle”等10个GO BP分类的EASE score最低，均2.6E-09。上调基因CDC6, KIFC1, OIP5, NCAPG, KIF15, BUB1, CDCA2,AURKA, CEP55, PBK参与多个与细胞周期相关的生物历程。126个下调基因参与11论文导读：e”进行Pathway浅析显示，当EASEScore0.05时，上调基因中不参与“KEGG-pathway”，2个基因参与1条“Bio上一页1234下一页
6个BP分类，其中“inflammatory response”,“response to wounding”,“immune response”,“defense response”,“taxis”,“chemotaxis”,“regulation ofsecretion”,“behior”,“anti-apoptosis”和“protein kinase cascade”的EASE Score得分最低，均1.6E-04。下调基因C2, CCL2, CXCL5, CXCL2, TLR2, FCN1,LILRA5, IL1RAP, IL1B, THBS1, CFD, PTX3, FCGR3A, IL1A, IL1RN等主要与细胞损伤、炎症反应、免疫应答等生物学历程相关。25个上调基因参与13个MF分类，其中主要涉及核酸结合活性，如“ATPbinding”,“adenyl ribonucleotide binding”,“adenyl nucleotide binding”,“purinenucleoside binding”和“nucleoside binding”的EASE Score得分最低，均0.006。参与多个分子功能的基因有CDC6, KIFC1, KIF15, BUB1, AURKA,PBK,TOP2A, GSG2, RAD51。123个下调基因参与12个MF分类，其中主要涉及分子信号与细胞因子受体结合，如“carbohydrate binding”,“cytokine binding”,“polysaccharide binding”,“protein binding”和“glycosaminoglycan binding”,“cytokine activity”“,interleukin-1receptor binding”的EASE Score的得分最低，均0.001。参与多种分子功能的基因有SELP, TNFAIP6, CCL2, C6ORF25, TLR2,PTX3, THBS1, NLRP3, IL1RN, IL1B, IL1A。利用“KEGG Pathway”,“BioCarta”和“Reactome”进行Pathway浅析显示，当EASE Score0.05时，上调基因中不参与“KEGG-pathway”，2个基因参与1条“Bio论文导读：TGFB1和FOS，其中EGF,IL1B,PB上一页1234下一页
Carta-pathway”，5个基因参与1条“Reactome-pathway”；下调基因中64个基因参与7条“KEGG-pathway”，30个基因参与1条“BioCarta-pathway”，33个基因参与2条“Reactome-pathway”。将上调和下调差别表达基因涉及的生物学功能进行“Functional AnnotationClustering”浅析，结果显示上调基因涉及的生物学功能分类聚成15个集合，其中富集分数最高的功能集合主要涉及细胞周期和细胞分裂；下调基因涉及的生物学功能分类聚成63个集合，富集分数最高的功能集合主要涉及细胞趋向性、细胞成分及蛋白、多糖结合活性。利用STRING、Cytoscape、PATHWAY及GO分类等生物信息学软件综合浅析202个差别表达基因（上调44个，下调158个），对此202个基因进行生物学功能浅析及预测，上调基因CDC6, KIFC1, OIP5, NCAPG, KIF15, BUB1, CDCA2,AURKA, CEP55, PBK等主要参与细胞周期、有丝分裂等生物学历程；上调基因TNFR13B, TNFR17, CXCL9，下调基因C2, CCL2, FOS, EGF, IL1A, IL1B,DUSP6等则与肿瘤相关信号通路密切相关，如Inflammation，Angiogenesis，MAPKsignal pathway，Adherens junction，NOD-pke receptor signapng pathway等；下调基因C2, CCL2, CXCL5, CXCL2, TLR2, FCN1, LILRA5, IL1RAP, IL1B, THBS1,CFD、PTX3, FCGR3A, IL1A, IL1RN等主要与细胞损伤、炎症反应、免疫应答等生物学历程相关，如“response to wounding”,“inflammatory response”,“immuneresponse”。本实验结合上面陈述的多种生物信息学浅析结果显示，15个差别表达基因在蛋白网络中处于中心位置，包括EGF, IL1B, PBK, C2, TLR2, DUSP6, HDC,CD68, TREM1, IL1A, CCL2, SPI1, PLAU, TGFB1和FOS，其中EGF, IL1B, PB论文导读：#GetFullDomain},需要论文可以联系人员哦。主要英文缩略语索引5-6中文摘要6-9Abstract9-13前言13-15材料和策略15-23技术路线23-24结果24-46讨论46-54结论54-55参考文献55-61综述61-74参考文献(References)71-74攻读硕士学位期间完成、发表论文情况74-75致谢75
K,C2, TLR2这5个基因在度数和介度中的排名均靠前，我们推测EGF, IL1B, PBK,C2和TLR2可能是导致EBV相关淋巴瘤发生的关键分子。3.综合信号通路、基因生物学分类、基因间相互作用浅析及已有文献报道，提示EBV可能上调宿主细胞PBK基因推动细胞增殖，下调宿主细胞EGF基因发挥抗凋亡作用，下调宿主细胞IL1β, C2, TLR2基因等降低细胞免疫能力，以而导致EBV相关淋巴瘤的发生。结论：1、系统构建了体内EBV相关淋巴瘤和正常人淋巴细胞的差别基因表达谱，发现淋巴瘤细胞和正常淋巴细胞的基因表达方式有着显著差别。2、生物信息学浅析筛选出202个差别表达基因，包括44个上调基因和158个下调基因，表明EBV相关淋巴瘤的发生是一个多基因参与，多通路涉及、病毒基因与宿主基因相互作用的历程。3、推测EGF, IL1β, C2, PBK和TLR2可能是导致EBV相关淋巴瘤发生的关键分子。关键词：EBV论文淋巴细胞论文EBV相关淋巴瘤论文基因芯片论文Scid小鼠论文
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Abstract9-13
前言13-15
材料和策略15-23
技术路线23-24
结果24-46
讨论46-54
结论54-55
参考文献55-61
综述61-74
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