谈述靶标结核分枝杆菌新核酸标识ISSR分型筛选及在鉴别检测中初步运用
最后更新时间：2024-02-08
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论文导读：
摘要：目的：分析微卫星五联简单重复序列在分枝杆菌基因组中的分布状况，并评价其简单序列重复区间（ISSR）分型能力，为分枝杆菌的基因分型及核酸标识的筛选提供新的探讨工具；同时，使用该分型系统筛选获得结核分枝杆菌新的核酸标识并初步用于分枝杆菌临床菌株的鉴别检测。办法：使用MICdb2.0软件分析微卫星数据库收录的分枝杆菌基因组中五联简单重复序列(CAGCG)n和(CCAGC)n的分布特点，并从此两序列为基础分别设计ISSR引物1（5＇-CAGCGCAGCGCAGCG-3＇）和ISSR引物2（5＇-CCAGCCCAGCCCAGC-3＇），用于分枝杆菌种间和种内菌株的基因分型分析。通过ISSR分型技术平台筛选MTC的特点片段，克隆测序获得特点序列并进行序列同源性分析；从特点序列为基础设计MTC特点引物，并对737株分枝杆菌菌株（其中MTC620株，NTM117株）进行鉴别检测；同时，使用16s rRNA序列（分枝杆菌属特点序列）和IS6110序列（MTC特点序列）的鉴别结果对MTC特点引物的检测效果进行评估；另外，采取荧光定量PCR和巢式PCR办法对MTC特点引物在临床痰标本中进行检测，评估其阳性和阴性检出率。结果：生物信息学分析显示(CAGCG)n和(CCAGC)n在数据库收录的大部分分枝杆菌基因组中均有较高含量，其中(CAGCG)n在H37Rv、H37Ra、CDC1551和牛分枝杆菌基因组中出现的次数分别为40、40、39和39次，且主要分布在编码序列区（分别为39、40、35和38次）；(CCAGC)n在H37Rv、H37Ra、CDC1551和牛分枝杆菌基因组中出现的次数分别为15、15、16和14次，且都分布在编码序列区。ISSR引物对分枝杆菌菌种的基因分型分析显示，种间体现出高度的遗传多样性；ISSR引物对MTB临床菌株和NTM临床分离株的分型结果显示，它们聚簇能力较强，但可进一步分成不同的亚型，提示该引物对种内菌株也体现出良好的分辨力。通过ISSR分型获得了588bp和999bp的2个MTC特点片段；序列同源性分析显示，这两段序列为MTC菌株的特点序列，前者位于结核分枝杆菌标准株H37Rv基因组序列的315947-316534位，后者位于结核分枝杆菌标准株H37Rv基因组序列的316237-316997位；从这两段序列为基础设计MTC的鉴别引物MTC1F/R和MTC2F/R；16s rRNA基因在732株分枝杆菌标准菌株和临床分离株中的扩增结果均为阳性； IS6110序列的阳性检出率为97.42%（604/620），阴性检出率为100%（117/117）；MTC1F/R的阳性检出率为99.84%（619/620），阴性检出率为100%（117/117）。MTC2F/R的阳性检出率为99.68%（618/620），阴性检出率为100%（117/117）。368份痰标本（其中276份结核病标本，92份非结核病标本）的荧光定量检测显示，16s rRNA序列的阳性检出率为66.67%（184/276），阴性检出率为86.96%（80/92）；IS6110基因序列的阳性检出率为60.87%（168/276），阴性检出率为100%（92/92）；MTC1内引物序列的阳性检出率为78.26%（216/276），阴性检出率为96.74%（89/92）；MTC2内引物序列的阳性检出率为34.78%（96/276），阴性检出率为98.91%（91/92）。180份痰标本（其中130份结核病标本，50份非结核病标本）的巢式PCR检测办法显示，IS6110基因序列的阳性检出率为98.46%（128/130），阴性检出率为92.00%（46/50）；MTC1引物的阳性检出率为86.92%（113/130），阴性检出率为92.00%（46/50）；MTC2引物的阳性检出率为76.92%（100/130），阴性检出率为98.00%（49/50）。结论：从(CAGCG)n和(CCAGC)n建立的ISSR分型系统，可用于分枝杆菌种间和种内菌株的遗传多样性分析。通过ISSR分型技术筛选出的2个MTC特点序列可作为新的核酸扩增靶标用于MTC和NTM的鉴别诊断。关键词：ISSR论文基因分型论文遗传多态性论文结核菌论文分子诊断论文论文导读：提供,需要可从关系人员哦。中文摘要4-6Abstract6-9综述9-27参考文献21-27第一部分分枝杆菌ISSR基因分型探讨27-48引言27-28材料和办法28-36材料28-32办法32-36结果36-45讨论45-47结论47-48第二部分结核分枝杆菌复合群新的核酸检测靶标的筛选及评价48-74引言48材料
靶标论文荧光定量论文痰标本论文
本论文由www.7ctime.com,需要可从关系人员哦。中文摘要4-6
Abstract6-9
综述9-27
参考文献21-27
第一部分 分枝杆菌 ISSR 基因分型探讨27-48
引言27-28
材料和办法28-36
材料28-32
办法32-36
结果36-45
讨论45-47
结论47-48
第二部分 结核分枝杆菌复合群新的核酸检测靶标的筛选及评价48-74
引言48
材料和办法48-55
材料48-49
办法49-55
结果55-71
讨论71-73
结论73-74
参考文献74-77
攻读学位期间本人出版或公开发表的论著、论文77-78
中英文缩略语表78-79
致谢79-80
摘要：目的：分析微卫星五联简单重复序列在分枝杆菌基因组中的分布状况，并评价其简单序列重复区间（ISSR）分型能力，为分枝杆菌的基因分型及核酸标识的筛选提供新的探讨工具；同时，使用该分型系统筛选获得结核分枝杆菌新的核酸标识并初步用于分枝杆菌临床菌株的鉴别检测。办法：使用MICdb2.0软件分析微卫星数据库收录的分枝杆菌基因组中五联简单重复序列(CAGCG)n和(CCAGC)n的分布特点，并从此两序列为基础分别设计ISSR引物1（5＇-CAGCGCAGCGCAGCG-3＇）和ISSR引物2（5＇-CCAGCCCAGCCCAGC-3＇），用于分枝杆菌种间和种内菌株的基因分型分析。通过ISSR分型技术平台筛选MTC的特点片段，克隆测序获得特点序列并进行序列同源性分析；从特点序列为基础设计MTC特点引物，并对737株分枝杆菌菌株（其中MTC620株，NTM117株）进行鉴别检测；同时，使用16s rRNA序列（分枝杆菌属特点序列）和IS6110序列（MTC特点序列）的鉴别结果对MTC特点引物的检测效果进行评估；另外，采取荧光定量PCR和巢式PCR办法对MTC特点引物在临床痰标本中进行检测，评估其阳性和阴性检出率。结果：生物信息学分析显示(CAGCG)n和(CCAGC)n在数据库收录的大部分分枝杆菌基因组中均有较高含量，其中(CAGCG)n在H37Rv、H37Ra、CDC1551和牛分枝杆菌基因组中出现的次数分别为40、40、39和39次，且主要分布在编码序列区（分别为39、40、35和38次）；(CCAGC)n在H37Rv、H37Ra、CDC1551和牛分枝杆菌基因组中出现的次数分别为15、15、16和14次，且都分布在编码序列区。ISSR引物对分枝杆菌菌种的基因分型分析显示，种间体现出高度的遗传多样性；ISSR引物对MTB临床菌株和NTM临床分离株的分型结果显示，它们聚簇能力较强，但可进一步分成不同的亚型，提示该引物对种内菌株也体现出良好的分辨力。通过ISSR分型获得了588bp和999bp的2个MTC特点片段；序列同源性分析显示，这两段序列为MTC菌株的特点序列，前者位于结核分枝杆菌标准株H37Rv基因组序列的315947-316534位，后者位于结核分枝杆菌标准株H37Rv基因组序列的316237-316997位；从这两段序列为基础设计MTC的鉴别引物MTC1F/R和MTC2F/R；16s rRNA基因在732株分枝杆菌标准菌株和临床分离株中的扩增结果均为阳性； IS6110序列的阳性检出率为97.42%（604/620），阴性检出率为100%（117/117）；MTC1F/R的阳性检出率为99.84%（619/620），阴性检出率为100%（117/117）。MTC2F/R的阳性检出率为99.68%（618/620），阴性检出率为100%（117/117）。368份痰标本（其中276份结核病标本，92份非结核病标本）的荧光定量检测显示，16s rRNA序列的阳性检出率为66.67%（184/276），阴性检出率为86.96%（80/92）；IS6110基因序列的阳性检出率为60.87%（168/276），阴性检出率为100%（92/92）；MTC1内引物序列的阳性检出率为78.26%（216/276），阴性检出率为96.74%（89/92）；MTC2内引物序列的阳性检出率为34.78%（96/276），阴性检出率为98.91%（91/92）。180份痰标本（其中130份结核病标本，50份非结核病标本）的巢式PCR检测办法显示，IS6110基因序列的阳性检出率为98.46%（128/130），阴性检出率为92.00%（46/50）；MTC1引物的阳性检出率为86.92%（113/130），阴性检出率为92.00%（46/50）；MTC2引物的阳性检出率为76.92%（100/130），阴性检出率为98.00%（49/50）。结论：从(CAGCG)n和(CCAGC)n建立的ISSR分型系统，可用于分枝杆菌种间和种内菌株的遗传多样性分析。通过ISSR分型技术筛选出的2个MTC特点序列可作为新的核酸扩增靶标用于MTC和NTM的鉴别诊断。关键词：ISSR论文基因分型论文遗传多态性论文结核菌论文分子诊断论文论文导读：提供,需要可从关系人员哦。中文摘要4-6Abstract6-9综述9-27参考文献21-27第一部分分枝杆菌ISSR基因分型探讨27-48引言27-28材料和办法28-36材料28-32办法32-36结果36-45讨论45-47结论47-48第二部分结核分枝杆菌复合群新的核酸检测靶标的筛选及评价48-74引言48材料
靶标论文荧光定量论文痰标本论文
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Abstract6-9
综述9-27
参考文献21-27
第一部分 分枝杆菌 ISSR 基因分型探讨27-48
引言27-28
材料和办法28-36
材料28-32
办法32-36
结果36-45
讨论45-47
结论47-48
第二部分 结核分枝杆菌复合群新的核酸检测靶标的筛选及评价48-74
引言48
材料和办法48-55
材料48-49
办法49-55
结果55-71
讨论71-73
结论73-74
参考文献74-77
攻读学位期间本人出版或公开发表的论著、论文77-78
中英文缩略语表78-79
致谢79-80