谈述线虫5-氟尿嘧啶对秀丽隐杆线虫生殖作用影响及数字基因表达谱变化理工

论文导读：sorption(ko04974),Q值是0.000023,其次是Amoebiasis通路(ko05146)和Focaladhesion通路(ko04510)。通过P0.05和Q0.05筛选出具有统计学作用的28条通路,且有4条通路与5-氟尿嘧啶处理后的基因变化相关。5.通过KEGG数据库的分析和比对,发现几点基因在某些通路里表达有变化。通过筛选法则,P0.05和FDR0.05,一共有19个基因有差别性
摘要：目的本文通过不同浓度5-氟尿嘧啶意义秀丽隐杆线虫,观察秀丽隐杆线虫的繁殖能力的变化极为相关基因的表达变化,研究5-氟尿嘧啶影响秀丽隐杆线虫生殖的原理从及5-氟尿嘧啶的意义机理。办法将不同浓度5-氟尿嘧啶处理秀丽隐杆线虫,分别为在体视显微镜下观察线虫的产卵状况从及活动状态。提取各组线虫的总RNA,进行数字基因表达谱的测序,对比差别表达基因从及相关涉及的调控通路。并用实时荧光定量PCR进行结果验证。结果1.线虫在发育历程中产卵量减少。在5uM,10uM,20uM的5-氟尿嘧啶处理的线虫中,线虫的产卵量都有不同程度的减少。5uM和10uM组与正常组相比产卵量均有减少(P0.05),但是与20uM组相比产卵量则相对增多(P0.05)。2.数字基因表达库的序列与参考数据库比较(www.ncbi.nlm.nih.gov/)。得到大约4207526个全部可用标签和56471个标签总类,同时在5-氟尿嘧啶20uM组得到4167565个全部可用标签和56530个标签总类。分别有71.16%和71.78%比例的标签总类能唯一比对到参考数据库的参考序列。3.两个表达库中差别基因。5-氟尿嘧啶20uM组有1147个基因上调,1067个基因下调,在上调基因中有101个基因的|log2Radio|8,在下调基因中有141个基因的|log2Radio|8。根据筛选标准,只要|log2Radio|≥1,就认为他们具有统计学作用。4.确认差别表达的基因和参与的通路。发现有10067个基因在数据库中有注释,其中有1114个基因有差别表达的统计学作用。这1114个唯一比对的转录本分布在248条通路中。在涉及的通路中,最可信的通路是Protein digestion and absorption (ko04974), Q值是0.000023,其次是Amoebiasis通路(ko05146)和Focal adhesion通路(ko04510)。通过P0.05和Q0.05筛选出具有统计学作用的28条通路,且有4条通路与5-氟尿嘧啶处理后的基因变化相关。5.通过KEGG数据库的分析和比对,发现几点基因在某些通路里表达有变化。通过筛选法则,P0.05和FDR0.05,一共有19个基因有差别性表达。差别表达的基因主要富集的两条通路是Focal adhesion信号通路和ECM-receptorinteraction通路。也有少数基因参与到TGF-beta signapng和Hypertrophic cardiomyopathy这两条信号通路。Focal adhesion、ECM-receptor interaction和TGF-beta signapng信号通路里表达变化的基因是5-氟尿嘧啶处理后具有代表性变化的基因。6.实时定量RT-PCR基因验证。为了确认数字基因表达谱这个办法的可靠性,以这4条通路里找到了这19个基因进行验证。结果显示与数字基因表达谱的办法得出的结果走势一致。结论在本论文的探讨中我们发现利用不同浓度5-氟尿嘧啶意义后,线虫产卵率显著降低。数字基因表达谱结果提示5-氟尿嘧啶20uM组线虫与对照组相比有2214个基因有表达差别性。通过筛选,确定筛选标准,得出19个基因表达变化显著。这些差别基因参与了4条相关的代谢通路分别是ECM-receptor interaction通路,TGF-beta信号通路,Focal adhesion通路和Hypertrophic cardiomyopathy通路。其中有14个基因共同参与ECM-receptor interaction通路和Focal adhesion通路,这些基因均属于胶原蛋白家族基因,它们可能与线虫外阴部表皮的形成有关。daf-14属于TGF-beta信号通路,主要调节AD2和AD3,可能与生殖细胞分化有关。CELE_C24B9.3属于Hypertrophic cardiomyopathy信号通路,机理不清。关键词：秀丽隐杆线虫论文5-氟尿嘧啶论文数字基因表达谱论文
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Ab论文导读：养基配置192.4.2秀丽隐杆线虫的培养及保存19-202.4.3秀丽隐杆线虫的5-氟尿嘧啶的处理202.4.4秀丽隐杆线虫的同步化202.4.5秀丽隐杆线虫虫卵的计数202.4.6秀丽隐杆线虫虫卵的总RNA提取从及反转录20-212.4.7秀丽隐杆线虫的总RNA质量鉴定212.4.8秀丽隐杆线虫样品制备从及测序21-232.4.9秀丽隐杆线虫的总RNA的反转录232.
stract5-10
第一部分 前言10-18

1.1 秀丽隐杆线虫的发现10-11

1.2 秀丽隐杆线虫的探讨发展11-12

1.3 秀丽隐杆线虫的运用12-15

1.3.1 秀丽隐杆线虫的培养12-13

1.3.2 细胞传导通路在秀丽隐杆线虫上的运用13

1.3.3 本实验探讨中关注点的探讨发展13

1.3.4 秀丽隐杆线虫在毒理学上的运用13-15

1.3.5 5-氟尿嘧啶的毒性意义从及探讨发展15

1.4 数字基因表达谱的运用15-18

1.4.1 GO分类法15-16

1.4.2 通路分析法16

1.4.3 基因调控网络分析16-18

第二部分 实验材料和办法18-26

2.1 实验材料18

2.2 实验仪器和设备18

2.3 实验试剂18-19

2.4 实验办法19-26

2.4.1 秀丽隐杆线虫的培养基配置19

2.4.2 秀丽隐杆线虫的培养及保存19-20

2.4.3 秀丽隐杆线虫的5-氟尿嘧啶的处理20

2.4.4 秀丽隐杆线虫的同步化20

2.4.5 秀丽隐杆线虫虫卵的计数20

2.4.6 秀丽隐杆线虫虫卵的总RNA提取从及反转录20-21

2.4.7 秀丽隐杆线虫的总RNA质量鉴定21

2.4.8 秀丽隐杆线虫样品制备从及测序21-23

2.4.9 秀丽隐杆线虫的总RNA的反转录23

2.4.10 秀丽隐杆线虫数字基因表达谱的结果数据分析23

2.4.11 秀丽隐杆线虫差别基因的RealTime RT-PCR的验证23-26

第三部分 实验结果26-34

3.1 5-氟尿嘧啶对在秀丽隐杆线虫的生殖的影响26

3.2 处理组秀丽隐杆线虫和对照组秀丽隐杆线虫提取的总RNA结果26-27

3.3 数字基因表达谱的源数据从及基因比对27-29

3.4 不同表达基因的确定从及相关代谢通路的分析29-31

3.5 RealTime RT-PCR验证结果31

附表图31-34
第四部分 讨论34-37

4.1 5-氟尿嘧啶对秀丽隐杆线虫生殖意义的影响34

4.2 ECM-receptorinteraction通路和Focal adhesion通路在分子调节中的意义机制34-35

4.3 TGF-beta代谢通路在分子调节中的意义机制35-36

4.4 利用5-Fu意义后秀丽隐杆线虫的变化结果分析的作用36-37

第五部分 结论37-39

5.1 主要结论37-38

5.2 探讨展望38-39

参考文献39-46
在学期间的探讨成果46-47
附录

一、英语缩略词汇表47-48

致谢48