对于叶猴黔金丝猴和圈养黑叶猴保护遗传学

论文导读：
摘要：黔金丝猴(Rhinopithecus brepchi)是我国特有的三种金丝猴之一,被IUCN列为濒危等级。目前仅分布我国贵州省梵净山自然保护区境内,种群数量750只左右。由于受到生境破碎化和人类活动的影响,黔金丝猴存活情况不容乐观。为了更好的对黔金丝猴加从保护和管理,我们对黔金丝猴线粒体基因组和梵净山自然保护区黔金丝猴遗传多样性进行探讨。主要探讨结果如下：(1)黔金丝猴线粒体因组长为16,548bp,由22个tRNA基因,2个rRNA基因,13个蛋白质编码基因和非编码区域组成。非编码基因制约区序列长度为1,087bp,没有重复序列。蛋白质编码基因ND6和8个tRNA基因位于线粒体轻链上。除了tRNASer(AGY)外,其他tRNA均能折叠成典型的三叶草二级结构。基于线粒体全序列采取最大似然法分析疣猴亚科体系进化联系,发现疣猴亚科最早分化为亚洲疣猴和非洲疣猴。非洲疣猴包括疣猴属(Colobus)、绿疣猴属(Procolobus)、红疣猴属(Pipocolobus);亚洲疣猴中最先分化出来的是长尾叶猴属(Semnopithecus),其中仰鼻猴属(Rhinopithecus)与白臀叶猴属(Pygathrix)亲缘联系最近。(2)128个粪便样品的400bp线粒体制约区HVl区域的序列没有变异位点,只获得一个单倍型。与其他灵长类动物相比黔金丝猴遗传多样性水平极低。我们需要提升黔金丝猴遗传多样性,并进一步扩大种群数量。采取线粒体制约区和微卫星分子标记,对梧州繁育中心圈养黑叶猴遗传多样性、圈养个体来源地从及个体间的亲缘联系进行分析。发现355bp线粒体制约区序列有35个核苷酸变异位点,共定义了13个单倍型。核苷酸多样性(π)为0.027,单倍型多样性(厅)为0.627。采取11对微卫星引物对52只圈养黑叶猴进行扩增,共检测到47个等位基因,每个座位的平均等位基因数为4.18。平均期望杂合度(He)为0.559,观测杂合度(Ho)为0.551。与其他濒危灵长类动物相比,圈养黑叶猴遗传多样性适中。将贵州、广西、越南野生黑叶猴和圈养黑叶猴单倍型进行对比,我们认为梧州繁育中心圈养黑叶猴个体来自广西境内。关键词：黔金丝猴论文圈养黑叶猴论文线粒体基因组论文微卫星论文遗传多样性论文
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ABSTRACT5-8

1.引言8-19

1. 保护遗传学探讨8-9

1.2. 保护遗传学探讨中常用的分子标记9-15

1.2.1. 限制性片段长度多态性(Restrietion Fragment Length Polymorphi,RFLP)9
1.2.2. 随机扩增加态性(Random Amppfied Polymorphic DNA,RAPD)9-10
1.2.3. 扩增片段长度多态性(Amppfied Fragment Length Polymorphi,AFLP)10
1.2.4. 主要组织相容性复合体(Major Histocompatibipty Complex,MHC)分子标记10-11
1.2.5. 单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphi,SNP)分子标记11

1.2.6. 微卫星DNA(Microsatelpte DNA)分子标记11-13

1.2.7. 线粒体DNA(Mitochondrial DNA)分子标记13-15

1.3. 灵长类动物线粒体DNA分子标记探讨15-16

1.4. 黔金丝猴(Rhinopithecus brepchi)探讨16-18

1.5. 黑叶猴(Trachypithecus francoisi)探讨18-19

2. 黔金丝猴线粒体全基因组测定及分析19-29
2.

1. 材料和办法19-23

2.

1. 样品采集19

2.

1.2. 肌肉DNA提取19-20

2.

1.3. 引物设计和Long-PCR扩增20-21

2.

1.4. 序列拼接、注释和分析21-22

2.

1.

5. 疣猴亚科体系发育联系22-23

2.2. 结果23-28 2.2.

1. 黔金丝猴线粒体基因组23-26

2.2.1.1.论文导读：3.2.1.粪便DNA检测33-343.2.2.PCR产物电泳检测及测序34-353.2.3.遗传多样性数据分析353.3.讨论35-364.圈养黑叶猴遗传背景探讨36-494.1.材料和办法36-394.1.1.样品采集374.1.2.黑叶猴血液DNA提取374.1.3.黑叶猴线粒体DNAD-loop区扩增及序列测定37-384.1.4.叶猴微卫星位点扩增和基因分型38-394.1.

5.线粒体DNAD-lo

全序列组成23-25
2.2.

1.2. 蛋白质编码基因及子利用状况25-26

2.2.

1.3. 转运RNA和核糖体RNA分析26

2.2.

1.4. 黔金丝猴非编码区序列特点26

2.2.2. 构建疣猴亚科体系进化树26-28

2.

3. 讨论28-29

梵净山黔金丝猴遗传多样性探讨29-36 3.

1. 材料与办法29-33

3.

1. 样品采集29-31

3.

1.2. 粪便基因组DNA提取31-32

3.

1.3. 黔金丝猴线粒体DNA制约区引物设计和扩增32-33

3.

1.

4. 线粒体制约区数据分析33

3.2. 结果与分析33-35 3.2.

1. 粪便DNA检测33-34

3.2.2. PCR产物电泳检测及测序34-35

3.

2. 遗传多样性数据分析35

讨论35-36

4.圈养黑叶猴遗传背景探讨36-49

4.

1. 材料和办法36-39

4.

1. 样品采集37

4.

1.2. 黑叶猴血液DNA提取37

4.

1.3. 黑叶猴线粒体DNA D-loop区扩增及序列测定37-38

4.

1.4. 叶猴微卫星位点扩增和基因分型38-39

4.

1.5. 线粒体DNA D-loop区和微卫星数据分析39

4.2. 结果与分析39-46
4.2.

1. 血液DNA检测39-40

4.2.2. 线粒体制约区PCR检测40-41
4.

2.3. 微卫星PCR检测及基因扫描图41

4.

2.4. 线粒体D-loop区序列变异分析41-42

4.

2.5. 圈养黑叶猴微卫星数据分析42-43

4.

2.6. 圈养黑叶猴来源地分析43-44

4.

2.

7. 圈养黑叶猴个体亲缘联系分析44-46

4.3. 讨论46-49 结论49-51
附录51-54

1.主要试剂51

(1) DNA提取试剂51
(2) PCR反应试剂51
(3) 电泳试剂51

2. 主要试剂的配制51-52

3. 主要仪器设备52-54

参考文献54-60
个人介绍60-61
导师介绍61-62
致谢62