阐述死症两株传染性造血组织坏死症病毒全基因组测序及其糖蛋白基因序列

论文导读：的形态结构91.3IHNV的分子生物学特点9-111.4IHNV的流行病学特点111.5IHN的症状与发病的影响因素11-121.6IHN的传播途径与危害121.7IHNV的防治12-131.7.1化学策略12-131.7.2物理策略131.7.3生物策略131.8IHNV的诊断策略13-151.8.1病毒的传统检测策略13-141.8.2IHNV的分子生物学的检测策略14-151.9小结与讨论15-16
摘要：传染性造血组织坏死症病毒(infectious hematopoietic necrosis virus, IHNV)属弹状病毒科的诺拉弹状病毒属,它是一种非常重要的鱼类致病病毒,能够引起鱼类急性的、系统的发病,主要引起野生的和人工养殖的鲑鱼、鳟鱼的恶性病。为较全面地了解IHNV及其今后的监测奠定基础,本论文通过克隆及测序以获得IHNV的全基因组序列。1、IHNV全基因组的克隆、测序和进化浅析。参照GenBank已发表的IHNV全基因组的序列,本探讨共设计了.16对简并引物与2套末端快速扩增(Rapid-amppfication of code ends, RACE)的引物,以扩增IHNV的两个毒株20101008与20101032的全基因组的序列,以而分别获得了6个与12个互相重叠的片段并克隆到载体pMD18-T上。通过测序及拼接后,确定了IHNV的两个毒株20101008的全基因组序列为11129个核苷酸,毒株20101032经拼接后得到两个重叠群分别为5912和3277个核苷酸。2、据IHNV的G基因的保守序列,本探讨对IHNV的两个毒株20101008与20101032还分别设计了2对特异性的引物以扩增它们的G基因序列。通过G蛋白的序列浅析表明,两个毒株之间的G编码基因的核苷酸与其推导的氨基酸的同源性分别为98%与81.9%,而氨基酸序列分别发生了35与20处氨基酸的替换。两毒株20101008和20101032与日本、韩国分离株的同源性较高,它们的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列的同源性分别为93.3%-96.4%与75.9%-84.6%；并且两毒株在进化联系上显示它们的亲缘联系是最近的,属同一分支,均为基因U型的传染性造血组织坏死症病毒。但其G基因的核苷酸及其所推导的氨基酸与已知的基因U型的IHNV均有一定差别。关键词：弹状病毒论文传染性造血组织坏死症病毒论文克隆论文同源性论文
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Abstract5-9
第一章 绪论9-16

1.1 IHNV的发现与分类地位9

1.2 IHNV的形态结构9

1.3 IHNV的分子生物学特点9-11

1.4 IHNV的流行病学特点11

1.5 IHN的症状与发病的影响因素11-12

1.6 IHN的传播途径与危害12

1.7 IHNV的防治12-13

1.7.1 化学策略12-13

1.7.2 物理策略13

1.7.3 生物策略13

1.8 IHNV的诊断策略13-15

1.8.1 病毒的传统检测策略13-14

1.8.2 IHNV的分子生物学的检测策略14-15

1.9 小结与讨论15-16

第二章 IHNV基因的探讨浅析16-26

2.1 IHNV基因的背景16

2.2 M蛋白的浅析16-17

2.3 NV蛋白的浅析17-19

2.4 N蛋白的浅析19-22

2.5 G蛋白的浅析22-24

2.6 小结与讨论24-26

第三章 两株传染性造血组织坏死症病毒的糖蛋白基因序列浅析26-36

3.1 引言26-27

3.2 材料与策略27-29

3.

2.1 材料27

3.

2.2 策略27-29

3.3 结果29-33

3.1 两毒株G基因的序列拼接结果29-30

3.2 病毒G基因的同源性浅析30-31

3.3 两毒株的氨基酸序列比对31-32

3.4 系统发育浅析32-33

3.4 小结与讨论33-36

第四章 IHNV毒株20101008与20101032的全基因组克隆测序36-44
引言36

4.1 材料和策略36-40

4.

1.1 实验材料36-38

4.

1.2 引物设计与PCR扩增38-39

4.

1.3 病毒核酸制备39

4.

1.4 PCR扩增覆盖全基因组的cDN段39

4.

1.5 pMD 18-T重组质粒的构建39-40

4.

1.6 IHNV的全基因组测序40

4.2 结果40-42
4.

2.1 病毒基因组cDN段的扩增及测序结果40-41

4.

2.2 病毒全基因组序列41-42

4.3 小结与讨论42-44
第五章 结论与革新44-46

5.1 主要探讨成果44

5.2 主要革新点44

5.3 今后探讨方向与目标44-46

参考文献46-53
附录表A53-54
附录表B54-63
致谢63-66
个人简历66