探讨蛋白质蛋白质组学质谱数据新策略开发

论文导读：质谱数据进行重新浅析,获得了全新结果。这也深刻说明了生物信息学的策略探讨对蛋白质组学探讨的有力推动作用。关键词：蛋白质组学论文质谱论文可变剪切论文定量蛋白质组学论文小波滤噪论文本论文由www.7ctime.com,需要论文可以联系人员哦。
摘要：基于质谱浅析的蛋白质组学实验技术是目前广泛运用的蛋白质探讨手段。该策略能够实现对复杂蛋白样品中的所有蛋白质进行自动化、高通量、高精度的检测。但由于该高通量策略产生的海量质谱图谱数据需要进一步的浅析才能实现对样品中蛋白质的定性和定量探讨。由此,针对质谱数据的生物信息学浅析策略探讨已成为关键。数据浅析的新策略运用能够推动蛋白质的定性探讨,包括对蛋白质翻译后修饰、变异或个体多态性蛋白产物、全新可变剪切蛋白产物以及全新蛋白质的鉴定等。另外,新策略的运用还能够提升质谱数据浅析结果的可靠性,特别在定量蛋白质组学实验中,针对一个生物系统的几种状态下的蛋白表达差别的探讨,能够获得更准确的蛋白定量结果。由此,针对蛋白质组学质谱数据浅析中的这两大方面,本论文通过两个课题,探讨开发了两种新策略,分别推动了质谱浅析蛋白质组学的定性及定量探讨。第一个课题中,针对全新可变剪切蛋白产物的鉴定,我们基于Ensembl数据库中人类基因组注释,构建了论述推测的全新外显子-外显子组合连接序列数据库。该数据库包含了所有相位兼容的全新外显子-外显子组合情况,并依据相应读码框将序列翻译成氨基酸序列进行储存。我们还将该数据库运用于一批肝组织培养分泌蛋白质组学质谱数据的浅析中,通过X! Tandem和SEQUEST软件检索及高可信度结果筛选,我们共鉴定了非冗余的来自395个基因的488条横跨外显子-外显子连接处的肽段,可以直接说明相应全新外显子-外显子组合的有着,以而实现了全新可变剪切形式在蛋白质水平的鉴定。相比其他策略,该策略更全面考虑了外显子.外显子组合可能性,并且仅需检索外显子-外显子连接处肽段序列,能更有效迅速地鉴定全新可变剪切蛋白产物。第二个课题中,针对基于肽段水平定量的稳定同位素标记定量蛋白质组学质谱数据浅析,我们基于小波论述提出了小波变换滤噪算法。该算法中,我们开发了全新的阈值滤波法以及空域自适应算法,能够更准确分辨噪音及优化信号,并整合Trans-Proteomic Pipepne (TPP)流水线浅析软件发布了全新定量软件WeletQuant.通过一批ICAT标记的酵母抽提蛋白标准比例样品的浅析,该软件浅析结果有力地说明了其算法能更有效地分辨出肽段离子单离子图谱中的真实信号,并且能更准确地选取对应肽段离子的峰信号区域,以而得出更正确的定量结果。通过这两个课题探讨,我们开发并运用新策略对已有蛋白质组学质谱数据进行重新浅析,获得了全新结果。这也深刻说明了生物信息学的策略探讨对蛋白质组学探讨的有力推动作用。关键词：蛋白质组学论文质谱论文可变剪切论文定量蛋白质组学论文小波滤噪论文
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中文摘要7-9
Abstract9-11
缩略术语表11-13
目次13-16
1 文献综述16-31

1.1 蛋白质组学质谱浅析原理及数据浅析策略16-26

1.1 质谱浅析原理16-19

1.1 离子源17-18

1.2 质量浅析器18-19

1.2 质谱数据浅析策略19-26

1.2.1 质谱数据预处理20-21

1.2.2 基于一级质谱图谱的蛋白质鉴定21-22

1.2.3 基于串联质谱图谱的蛋白质鉴定22-23

1.2.4 基于质谱浅析的蛋白质序列以头预测23-24

1.2.5 基于质谱浅析的蛋白质翻译后修饰鉴定24-25

1.2.6 基于质谱浅析的变异或个体多态性及可变剪切鉴定25-26

1.2 定量蛋白质组学实验策略及数据浅析策略26-29

1.2.1 蛋白水平定量的蛋白质组学实验浅析26-27

1.2.2 肽段水平定量的蛋白质组学实验浅析27-28

1.2.3 肽段水平无标记定量实验浅析28-29

1.3 探讨展望29-31

2 利用蛋白质谱数据鉴定全新外显子-外显子组合形式的新策略31-48

2.1 引言31-32

2.2 材料和策略32-40

2.1 数据库设计和构建实现32-36

2.2.

1.1 数据库设计32-34

2.2.

1.2 数据库构建实现34-36

2.2.2 运用该数据库检索蛋白质谱数据36-37

2.3 潜在全新外显子-外显子连接处肽段筛选37

2.4 删除已知序列肽段37-40

2.3 结果40-45

2.3.1 外显子-外显子连接序列数据库构建结果40

2.3.2 运用该数据库在蛋白质谱数据中鉴定外显子全新组合结果40-45

2.4 讨论45-47

2.5 运用47-48

3 基于小波滤噪算法的定量蛋白质组学数据浅析的新策略48-67

3.1 引言48-50

3.2 材料和策略50-59

3.

2.1 算法设计50-57

3.2.

1.1 基于离散小波变换算法的信号分解及重构50-54

3.2.

1.2 阈值滤波函数54-55

3.2.

1.3 空域自适应算法的阈值计算55-57

3.2.2 算法实现及软件开发57-58
3.

2.3 算法运用58-59

3.

2.3.1 运用于酵母抽提蛋白标准样品的质谱数据浅析58-59

3.

2.3.2 运用于卵巢癌细胞系定量蛋白质组学的数据浅析59

3.3 结果59-64

3.1 运用于酵母抽提蛋白标准样品的质谱数据浅析结果59-63

3.2 运用于卵巢癌细胞系定量蛋白质组学的数据浅析结果63-64

3.4 讨论64-66

3.5 运用66-67

4 结论67-70
参考文献70-86
附录86-131
附录A 构建论述推测全新外显子连接序列数据库的Perl脚本86-100
附录B 鉴定所得全新外显子组合的连接处肽段列表100-124
附录C 小波滤波算法核心函数C++代码124-131
个人简历131-132