简论支原体衣阿华支原体与滑液支原体全基因组测序及

论文导读：4支原体基因组的进化浅析77-802.

4.5滑液支原体GX11-T株与滑液支原体53株的共线性比较浅析80-812下一页

摘要：衣阿华支原体(Mycoplaa iowae)被称作一种非比寻常的支原体,它不仅对抗生素和热处理具有坚强的耐受力,对胆盐的抗性也与众不同,该支原体主要在火鸡养殖业中具有重要的经济作用,可以导致火鸡死胚。滑液支原体(Mycoplaa synoviae)最早以患有滑膜炎的病鸡中分离,肉鸡和火鸡感染后均呈现为关节渗出性的滑液囊膜炎及腱鞘滑膜炎,部分菌株感染宿主后能引发慢性呼吸道疾病道症状,导致气囊受损。本探讨采取Roche454GX FLX及配套软件对毒力较弱的衣阿华支原体695株和毒力较强的滑液支原体GX11-T株进行测序与拼接工作,借助软件与数据库对基因组所承载的遗传信息进行了注释与浅析,进而对这两株支原体的基因组结构、进化情况以及毒力岛等有了更为深入的理解。本探讨对滑液支原体GX11-T株的遗传转化条件进行了摸索,利用电化转携带Tn4001转座子的质粒pMT85,成功筛选出滑液支原体GX11-T株中带有庆大霉素抗性基因的突变株,主要工作包括：1.衣阿华支原体695株基因组测序及基本浅析衣阿华支原体695株基因组全长1195,147bp,G+C含量20%,预测含有947个编码基因,编码基因的平均长度为1089bp,2个rRNA和29个tRNA。通过对衣阿华支原体的代谢通路、氨基酸利用频率及偏好性、信号转导系统、限制性修饰基因、假基因、蛋白质互作等方面进行了基本浅析后,我们发现在已完成基因组序列的支原体属的菌株中,只有衣阿华支原体695具有糖酵解途径中的熊果苷和水杨苷的分支代谢途径。在衣阿华695株的信号转导系统中,我们发现了一对位于编码热休克蛋白的基因上游编码了双组份信号转导系统组分的蛋白：组氨酸激酶(695.orf0285)和信号转导调控因子(695.orf0477),并软件预测该信号转导调控因子能够与DnaK发生蛋白质互作,因而我们推测DnaK-DnaJ-GrpE热休克系统可能受其上游这个双组份信号转导系统的调控,并与衣阿华支原体695株的耐热性相关。此外,该基因组中发现了一个和代谢胆盐相关蛋白UvrA57%氨基酸同源的核酸外切酶(695.orf0053),暗示了其可能与衣阿华支原体抗胆盐能力相关。2.滑液支原体GX11-T株基因组测序及基本浅析完成了滑液支原体GX11-T株基因组的测序及浅析。滑液支原体GX11-T株基因组全长738,351bp,G+C含量为28.34%,预测含有679个编码基因,其平均长度为981bp,含有2个rRNA,32个tRNA。同样我们对其代谢通路、氨基酸利用情况、信号转导系统、限制性修饰基因、假基因、蛋白质互作等方面进行了浅析。在滑液支原体GX11-T株中假基因的预测数目有34个,其中有5个编码VlhA黏附素基因家族蛋白。而滑液支原体GX11-T株预测的7个毒力岛中,有一个基因岛主要编码与侵袭力直接相关的VlhA黏附素基因家族蛋白,以基因组学水平上解释了滑液支原体GX11-T的较强毒力。3.进化与蛋白质聚类浅析本探讨挑选了已经完成基因组测序的支原体属中的20株支原体的基因组为参考基因组,完成了对衣阿华695株和GX11-T株进化浅析,基于16srDNA和ftsY基因的进化结果浅析显示衣阿华支原体695株与鸡毒支原体亲缘联系较近,而滑液支原体与牛支原体亲缘联系较近,并和猪肺炎支原体、猪鼻支原体同属一个分支。通过比较滑液支原体GX11-T基因组序列和已被公布的滑液支原体53株基因组序列,两株支原体中约有90%的基因高度相似,其中有8个是滑液支原体GX11-T株特有基因,包括一个属于VlhA黏附素基因家族蛋白编码血凝素蛋白(GA.orf0438),与相位移动相关。此外,对包括衣阿华支原体695株、滑液支原体GX11-T株的3株鸡源支原体进行基因家族聚类浅析,结果显示衣阿华支原体695株具有43个特有基因家族,而滑液支原体GX11-T株具有87个特有基因家族。4.滑液支原体遗传转化的探讨本探讨将含有Tn4001转座子的质粒电转化到滑液支原体GX11-T株中,优化了滑液支原体的遗传转化条件,探讨了不同电场强度、电阻大小、质粒浓度等条件对滑液支原体的电转化效率的影响,并获得了5株稳定遗传的带有庆大霉素抗性基因的稳定遗传突变株。关键词：滑液支原体论文衣阿华支原体论文基因组测序论文进化浅析论文支原体遗传转化论文
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Abstract8-10
文献综述10-28

1.1 支原体与支原体病10-14

1.1 支原体10-11

1.2 支原体病11-12

1.3 禽支原体及禽支原体病12-14

1.2 衣阿华支原体14-19

1.3 滑液支原体19-25

1.4 支原体基因组探讨进展25-28

第二章 衣阿华支原体695株与滑液支原体GX11-T株的全基因组测序与浅析28-92

2.1 探讨目的和作用28

2.2 实验材料28-29

2.1 菌株及来源28-29

2.2 工具酶及DNA Maker等29

2.3 所用试剂盒29

2.4 主要溶液及培养基29

2.3 实验策略29-37

2.3.1 菌株的培养29-30

2.3.2 支原体基因组的提取30

2.3.3 基因组DNA随机文库的构建30-32

2.3.4 基因组测序32-33

2.3.5 基因组的注释与浅析33-35

2.3.6 进化浅析35-37

2.3.7 串联重复序列的比较浅析37

2.3.8 基因家族聚类浅析37

2.4 结果与浅析37-89

2.4.1 基因组的提取与检测37-40

2.4.2 衣阿华支原体695株基因组注释及浅析40-61

2.4.3 滑液支原体GX11-T株基因组注释及浅析61-77

2.4.4 支原体基因组的进化浅析77-80

2.4.5 滑液支原体GX11-T株与滑液支原体53株的共线性比较浅析80-8论文导读：7-1033.4讨论103-105结论105-106致谢106-108发表文章108-109参考文献109-120附表120-142上一页12
3

2.4.6 支原体基因组的串联重复序列和简单重复序列浅析83-87

2.4.7. 支原体的基因家族聚类87-89

2.5 讨论89-92

第三章 滑液支原体GX11-T株遗传转化的探讨92-105

3.1 探讨目的和作用92

3.2 材料与策略92-97

3.

2.1 菌株和质粒92-93

3.

2.2 工具酶及DNA Maker等93

3.

2.3 主要溶液、试剂及培养基93-94

3.

2.4 菌株的培养94

3.

2.5 质粒的提取与鉴定94-95

3.

2.6 滑液支原体对庆大霉素敏感性实验95-96

3.

2.7 转座载体的电转化96

3.

2.8 不同电转条件下对转化率的影响96-97

3.3 结果及浅析97-103

3.4 讨论103-105

结论105-106
致谢106-108
发表文章108-109
参考文献109-120
附表120-142