探讨十字花科黑腐病菌hrpX

论文导读：CMutantDeficientinPurineBiosynthesisandVirulence;JournalofGeneticsandGenomics;中国博士学位论文全文数据库徐荣旗;野油菜黄单胞菌野油菜致病变种新的依赖于Ⅲ型分泌系统的效应物的鉴定;广西大学;刊全文数据库陈月琴,何家菀,庄丽,曾陇梅,屈良鹄;二种淡水微囊藻rDNA16S-235基因间隔区的序列测定与分析;水生
十字花科黑腐病菌hrpX论文相关文献前1条;Construction and characterization of a hrpG mutant rendering constitutive expression of hrp genes in Xanthomonas campestris pv.campestris[J];Progress in Natural Science;【共引文献】 中国期刊全文数据库前4条周晓航;刘洪章-根癌农杆菌转基因的分子机制[J];吉林农业科学;、刘宁;胡景辉;金保伟-植物病原物致病基因及无毒基因的研究进展[J];华北农学报;、房保海,张广民,迟长凤,王波,李在臣;植物病原细菌hrp基因研究进展[J];微生物学通报;、Zhihui Yuan;Li Wang;Shutao Sun;Yao Wu;Wei Qian-Genetic and Proteomic Analyses of a Xanthomonas campestris pv.campestris purC Mutant Deficient in Purine Biosynthesis and Virulence[J];Journal of Genetics and Genomics; 中国博士学位论文全文数据库徐荣旗;野油菜黄单胞菌野油菜致病变种新的依赖于Ⅲ型分泌系统的效应物的鉴定[D];广西大学;刊全文数据库陈月琴,何家菀,庄丽,曾陇梅,屈良鹄;二种淡水微囊藻rDNA16S-235基因间隔区的序列测定与分析[J];水生生物学报;1999年01期、吴媛;李;卢金星-143份鸽粪中酵母菌的分离鉴定[J];疾病监测;、彭娟;李思光;罗丹丹;罗玉萍-miR-124基因家族的分子进化与靶基因预测[J];生物技术通报;、席贻龙,陈月琴,诸葛燕,黄祥飞;四种臂尾轮虫rDNA16S-23S基因间隔区的序列测定与分析[J];水生生物学报;、高佳莉;罗玉萍;李思光-miR-34基因家族的分子进化[J];动物学研究;、余仲东,张星耀,曹支敏;真菌核糖体基因间隔区研究概况[J];西北林学院学报;、沈万宽;周国辉;邓海华;周凌云-甘蔗宿根矮化病菌PCR检测及目的片段核苷酸序列分析[J];中国农学通报;、周凌云;李静;王沅江-茶炭疽病菌的分离、培养及PCR检测[J];福建茶叶;、周冬根,罗玉萍,李思光;MicroRNA的结构、生物合成及功能[J];生物技术通报;、邹文辉-新奇的调控分子——microRNA[J];安徽农业科学; 姜雪;刘铜;刘志诚;陈捷-玉米弯孢霉叶斑病菌致病性缺陷突变株生物学特性及相关基因研究[A];中国植物病理学会学术年会论文集[C];、姜雪;徐书法;王兵;刘力行;陈捷-玉米弯孢叶斑病菌Brn1的克隆与功能分析[A];植物保护科技创新与发展——中国植物保护学会学术年会论文集[C];、简曙光;张伟伟-基于cpDNA基因间隔区序列的银叶树谱系地理学研究[A];中国第五届红树林学术会议论文摘要集[C];、姜雪;徐书法;王兵;刘力行;陈捷-玉米弯孢叶斑病菌Brn1的克隆与功能分析[A];中国植物病理学会学术年会论文集[C];、刘晓颖;张竞秋;王振英-白菜中DREB基因的克隆与功能分析[A];、苏玉虹;张俊峰-在哺乳动物细胞内诱导持续性的RNAi研究策略[A];中国畜牧兽医学会养猪学分会第五次全国会员代表大会暨养猪业创新发展论坛论文集[C];、丁小余;侯北伟-叶绿体基因组在药用植物基因工程及系统进化研究中的应用[A];第九届全国药用植物及植物药学术研讨会论文集[C];、丁博;苏双双;吴锡冬;谢晓东-小麦TaWRKY72-b基因的克隆及表达载体构建[A];会论文摘要集[C];、沈鹤;牛鹏霞;李新云;赵书红;樊斌-猪骨骼肌shRNA文库的初步构建[A];基因开启未来：新时代的遗传学与科技进步——湖北省遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];、;武汉珞樱生物科技有限公司[A];基因开启未来：新时代的遗传学与科技进步——湖北省遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];
论文目录
摘要4-7
ABSTRACT7-14
第一章前言14-22

1.1基因组测序、注释和重注释14-15

1.1基因组测序和基因注释14

1.2基因重注释14

1.3基因间隔区的秘密14-15

1.2十字花科黑腐病菌的概况15-16

1.2.1黄单胞菌属简介15-16

1.2.2十字花科黑腐病菌的特征和基因组研究16

1.3黄单胞菌Ⅲ型分泌系统致病调控机制16-21

1.3.1hrp基因簇的组成和表达16-18

1.3.2Ⅲ型分泌系统装置18-19

1.3.3T3SS效应物19

1.3.4黄单胞菌Ⅲ型分泌系统致病调控研究进展19-21

1.4本研究主要目的、内容和作用21-22

第二章材料与策略22-38

2.1材料22-26

2.

1.1实验所用菌株与质粒22

2.

1.2引物22-24

2.

1.3抗生素24

2.

1.4培养基24

2.

1.5常用溶液与缓冲剂24-26

2.2微生物学实验操作策略26

2.1菌株培养26

2.2菌种保存和活化26

2.3核酸制备26-28

2.3.1细菌基因组总DNA提取26-27

2.3.2质粒DNA提取27

2.3.3细菌总RNA提取27-28

2.4分子克隆实验策略28-33

2.4.1PCR扩增28-29

2.4.2琼脂糖凝胶电泳29

2.4.3DNA纯化29-30

2.4.4DN段的胶回收30

2.4.5DNA的酶切和连接30-31

2.4.6DNA的测序31

2.4.7RNA的DNase消化处理31

2.4.8DNase消化后验证31-32

2.4.9合成cDNA第一条链32

2.4.10半定量RT-PCR32-33

2.5细菌的转化和接合实验33-34

2.5.1化学感受态细胞的制备33

2.5.2化学转化33

2.5.3三亲本接合实验33-34

2.6缺失突变体和互补菌的构论文导读：加强生物信息学建设推动人类基因组研究;中国医药报;、钱勇;永生化人脐静脉内皮细胞重建成功;中国医药报;、本报记者汤东宁;迎接更加灿烂的前景;科技日报;中国博士学位论文全文数据库王保全;桃PpERS1、PpADC基因克隆、鉴定及PtADC转基因功能分析;华中农业大学;、陈双燕;T-DNA标签在水稻基因组中的分布与特征;浙江大学
建34-35

2.6.1缺失突变体的验证34

2.6.2缺失突变体的反式功能互补34-35

2.7胞外酶、胞外多糖和游动性的检测35-36

2.7.1胞外酶的检测35-36

2.7.2胞外多糖的检测36

2.7.3游动性的检测36

2.8植株实验36-38

2.8.1致病力检测36-37

2.8.2过敏性(HR)反应检测37-38

第三章结果与分析38-65

3.1Xcc8004hrpX-hrpG基因间隔区的生物信息学分析38-40

3.

1.1Xcc8004hrpX-hrpG基因间隔区序列分析38

3.

1.2三个Xcc菌株的hrpX-hrpG基因间隔区的序列对比情况38-40

3.2hrpX-hrpG基因间隔区有转录活性40-44
3.2.1RNA测序(RNA-seq)结果显示hrpX-hrpG基因间隔区有转录活性40
3.

2.2hrpX-hrpG基因间隔区转录活性的RT-PCR验证40-41

3.

2.3hrpX-hrpG基因间隔区短的独立转录子的RT-PCR验证41-42

3.

2.4hrpX-hrpG基因间隔区转录子的转录方向分析42-44

3.3hrpX-hrpG基因间隔区的功能分析44-63
3.3.1hrpX-hrpG基因间隔区缺失导致致病力显著下降和过敏性(HR)反应丧失44-50
3.3.2缺失突变体8004ΔIGR_(476)X-G的hrpX和hrpG基因转录水平严重降低50-51
3.3.38004ΔIGR_(476)hrpX-G反式功能互补不能补回致病力和HR反应51-55
3.3.4476bp片段的缺失,保留hrpX和hrpG的核心启动子区足够它们转录55-60

3.5探索476bp片段对hrpG的作用60-63

3.4小结63-65

第四章总结与讨论65-69

4.1总结65-66

4.2讨论66-68

4.

2.1关于Xcc8004hrpX-hrpG基因间隔区转录的讨论66

4.2.2关于Xcc8004hrpX-hrpG基因间隔区476bp对hrpG转录作用的讨论66-67
4.2.3关于Xcc8004hrpX和hrpG核心启动子区的上游元件和调控序列的讨论67-68

4.3下一步工作计划68-69

4.

3.1针对Xcc8004hrpX-hrpG基因间隔区小RNA的验证68

4.

3.2hrpG核心启动子区的上游元件和上游调控序列的验证68-69

参考文献69-79
附录79-81
致谢81-82
攻读学位期间发表论文情况82
十字花科黑腐病菌基因间隔区hrpXhrpG
参考文献
徐荣旗;野油菜黄单胞菌野油菜致病变种新的依赖于Ⅲ型分泌系统的效应物的鉴定[D];广西大学;刊全文数据库陈月琴,何家菀,庄丽,曾陇梅,屈良鹄;二种淡水微囊藻rDNA16S-235基因间隔区的序列测定与分析[J];水生生物学报;1999年01期、吴媛;李;卢金星-143份鸽粪中酵母菌的分离鉴定[J];疾病监测;、彭娟;李思光;罗丹丹;罗玉萍-miR-124基因家族的分子进化与靶基因预测[J];生物技术通报;、席贻龙,陈月琴,诸葛燕,黄祥飞;四种臂尾轮虫rDNA16S-23S基因间隔区的序列测定与分析[J];水生生物学报;、高佳莉;罗玉萍;李思光-miR-34基因家族的分子进化[J];动物学研究;、余仲东,张星耀,曹支敏;真菌核糖体基因间隔区研究概况[J];西北林学院学报;、沈万宽;周国辉;邓海华;周凌云-甘蔗宿根矮化病菌PCR检测及目的片段核苷酸序列分析[J];中国农学通报;、周凌云;李静;王沅江-茶炭疽病菌的分离、培养及PCR检测[J];福建茶叶;、周冬根,罗玉萍,李思光;MicroRNA的结构、生物合成及功能[J];生物技术通报;、邹文辉-新奇的调控分子——microRNA[J];安徽农业科学; 姜雪;刘铜;刘志诚;陈捷-玉米弯孢霉叶斑病菌致病性缺陷突变株生物学特性及相关基因研究[A];中国植物病理学会学术年会论文集[C];、姜雪;徐书法;王兵;刘力行;陈捷-玉米弯孢叶斑病菌Brn1的克隆与功能分析[A];植物保护科技创新与发展——中国植物保护学会学术年会论文集[C];、简曙光;张伟伟-基于cpDNA基因间隔区序列的银叶树谱系地理学研究[A];中国第五届红树林学术会议论文摘要集[C];、姜雪;徐书法;王兵;刘力行;陈捷-玉米弯孢叶斑病菌Brn1的克隆与功能分析[A];中国植物病理学会学术年会论文集[C];、刘晓颖;张竞秋;王振英-白菜中DREB基因的克隆与功能分析[A];、苏玉虹;张俊峰-在哺乳动物细胞内诱导持续性的RNAi研究策略[A];中国畜牧兽医学会养猪学分会第五次全国会员代表大会暨养猪业创新发展论坛论文集[C];、丁小余;侯北伟-叶绿体基因组在药用植物基因工程及系统进化研究中的应用[A];第九届全国药用植物及植物药学术研讨会论文集[C];、丁博;苏双双;吴锡冬;谢晓东-小麦TaWRKY72-b基因的克隆及表达载体构建[A];会论文摘要集[C];、沈鹤;牛鹏霞;李新云;赵书红;樊斌-猪骨骼肌shRNA文库的初步构建[A];基因开启未来：新时代的遗传学与科技进步——湖北省遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];、;武汉珞樱生物科技有限公司[A];基因开启未来：新时代的遗传学与科技进步——湖北省遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C]; 中国重要报纸全文数据库前5条 仇逸;寄生虫研究的里程碑[N];医药经济报;、记者陈卫东;日本血吸虫基因组测序完成[N];科技日报;、白毅;加强生物信息学建设推动人类基因组研究[N];中国医药报;、钱勇;永生化人脐静脉内皮细胞重建成功[N];中国医药报;、本报记者汤东宁;迎接更加灿烂的前景[N];科技日报; 中国博士学位论文全文数据库王保全;桃PpERS1、PpADC基因克隆、鉴定及PtADC转基因功能分析[D];华中农业大学;、陈双燕;T-DNA标签在水稻基因组中的分布与特征[D];浙江大学;、蔡丽论文导读：因功能分析;湖南大学;、杜玉娟;孑遗植物珙桐的群体遗传学和谱系地理学研究;浙江大学;、高勇;粘脂累积病和先天性眼球震颤相关致病基因突变分析及功能研究;华中科技大学;中国硕士学位论文全文数据库张雨;十字花科黑腐病菌hrpX-hrpG基因间隔区的转录和功能分析;广西大学;、曾霞;中国4株伯氏疏螺旋体5s-23srRNA基因间隔区
;油菜病毒株系鉴定和抗病相关基因研究及转基因飘逸评价[D];华中农业大学;、周国鑫;二化螟取食胁迫下的水稻转录组分析及相关基因OsHI-LOX的功能剖析[D];浙江大学;、张红梅;铝胁迫下大豆差异基因表达及GmRNF12、GmFDR3基因功能分析[D];吉林大学;、赵金方;病原菌细胞毒素及感染相关高水平Ca~(2+)诱导宿主细胞凋亡的作用与机制[D];浙江大学;、唐琦;可用作生物杀虫剂的家蚕核型多角体病毒orf65、orf91的基因功能分析[D];江苏大学;、汪启明;拟南芥DBB亚家族基因表达的光调控和DBB1a基因功能分析[D];湖南大学;、杜玉娟;孑遗植物珙桐的群体遗传学和谱系地理学研究[D];浙江大学;、高勇;粘脂累积病和先天性眼球震颤相关致病基因突变分析及功能研究[D];华中科技大学; 中国硕士学位论文全文数据库张雨;十字花科黑腐病菌hrpX-hrpG基因间隔区的转录和功能分析[D];广西大学;、曾霞;中国4株伯氏疏螺旋体5s-23srRNA基因间隔区的克隆、序列分析和外膜蛋白A的克隆及表达[D];广西医科大学;、程文金;水稻条纹病毒RNA4基因间隔区分子变异与致病性关系[D];福建农林大学;、郭志华;马铃薯无标记抗病毒双价表达载体构建与转化[D];山西大学;、李红梅;基于核糖体基因对大熊猫秦岭亚种施氏贝蛔虫的分子分类研究[D];西北农林科技大学;、齐岩;渗透胁迫相关基因对烟草的遗传转化及基因功能的研究[D];东北农业大学;、毕利利;拟南芥AtRabGAP基因功能分析[D];河南大学;、田健;嗜铁钩端螺旋菌Leptospirillum ferriphilum UBK03抗镍基因的克隆及功能分析[D];中国农业科学院;、赵玉强;瓜类细菌性果斑病菌致病相关基因筛选及luxR基因功能分析[D];南京农业大学;、林发壮;棉花GhABF2基因功能分析及GhSRK2D基因的克隆[D];中国农业科学院;