谈述神经管PARD3基因单核苷酸多态性和拷贝数变异与神经管畸形发生相关性

论文导读：共挑选了PARD3基因上53个SNP进行检测,去掉分型成功率低于90%的2个位点,不符合Hardy-Weinberg平衡的2个位点和微效等位基因频率小于5%的2个位点,共对47个SNP进行了病例-对照关联浅析。结果显示,有6个SNP位点(rs2496720,rs2252655,rs3851068,rs118153230,rs10827337andrs12218196)的MAF在病例和对照组有显著差别(P0.05),这
摘要：探讨背景在我国,随着传染性疾病的发病与死亡率显著降低,出生缺陷和遗传病已成为显著不足。神经管畸形(neural tube defects, NTDs)是一种严重的出生缺陷疾病,指在胚胎早期发育历程中神经管闭合不建全而导致的神经系统畸形。目前,全世界NTDs的发病率约为1-2%o。我国是NTDs高发地区,最新统计,NTDs在我国山西省部分地区发病率高达19.94%o,由此,NTDs仍然是影响我国人口素质、危害生命和生活质量的重要公共卫生不足。NTDs是多因素导致的复杂疾病,目前的探讨认为NTDs是遗传和环境因素共同作用的结果。叶酸等环境因素在NTDs发生中的作用已引起广泛重视。但是,其遗传机制仍不明确。大量的探讨表明,细胞极性的建立历程与NTDs的发生密切相关,其中顶-基底极性蛋白复合体PARD3-PAR6-aPKC具有重要作用,尤其是其核心组分PARD3的作用不容忽略。近期的探讨表明PARD3在斑马鱼初级神经胚形成中具有关键作用,它的极性分布对于发育历程中的非对称性分裂,神经细胞轴突的形成和上皮细胞紧密连接的建立是必需的。PARD3缺失导致分裂的神经管上皮细胞不能穿过中线,镜像对称分布失败,异常神经管形成。另外有探讨表明PARD3减少导致出现脑水肿,脑脊髓液流动异常等人类NTDs的伴随症状。随着对极性蛋白PARD3在斑马鱼等脊椎动物神经胚形成历程中的作用探讨不断深入,PARD3在人类神经胚形成中的作用引起越来越多探讨者的重视。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphi, SNP)和拷贝数变异(copy number variation, CNV)是基因组多态性的两种重要形式,它们在人类表型多样性以及人类对疾病的易感性方面具有重要作用。大量的探讨显示人类基因组中的SNP和CNV与一些出生缺陷疾病相关。而目前PARD3基因SNP和CNV的探讨仅局限于肿瘤和炎症。由此,探讨PARD3基因SNP和CNV与NTDs发生的相关性有可能为NTDs的发病机制探讨提供新的线索。目的1.探讨PARD3基因SNP与中国山西省出生缺陷高发区NTDs发生的相关性。2.检测PARD3基因全部外显子区CNV情况,探讨PARD3基因外显子区CNV在中国山西省出生缺陷高发区NTDs发生中的作用。策略1.采取病例对照探讨,收集我国山西省出生缺陷高发区NTDs标本224例,对照组为非病理性终止妊娠的正常标本253例。提取脊髓组织DNA,利用MassARRAY分子量阵列浅析平台中的iPLEX Gold SNP Genotyping系统,检测PARD3基因上53个SNP位点的基因分型,用SPSS软件和SHEsis软件浅析这53个SNP位点及相应单体型与中国山西省出生缺陷高发区NTDs发生的相关性。2.采取病例对照探讨,收集我国山西省NTDs标本168例,对照组为非病理性终止妊娠的正常标本231例。提取脊髓组织DNA,改善MassARRAY分子量阵列浅析平台中的iPLEX Gold SNP Genotyping系统,浅析PARD3基因上25个外显子的拷贝数,用real-time PCR和普通PCR后常规测序的策略对部分结果进行验证。对有缺失的标本进行组织特异性检测,并初步浅析其对PARD3蛋白功能的影响。结果1.共挑选了PARD3基因上53个SNP进行检测,去掉分型成功率低于90%的2个位点,不符合Hardy-Weinberg平衡的2个位点和微效等位基因频率小于5%的2个位点,共对47个SNP进行了病例-对照关联浅析。结果显示,有6个SNP位点(rs2496720, rs2252655, rs3851068, rs118153230, rs10827337and rs12218196)的MAF在病例和对照组有显著差别(P0.05),这种差别在无脑儿中尤其显著。我们对以上有关联的位点进行了单体型浅析,它们共构成了4种常见的单体型,这4种单体型在病例和对照组均有显著差别(P0.01)。根据表型进行分层浅析后显示,有3种单体型(TGTGGT, TACGAC和TACGGT)在无脑儿组和对照组仍然有显著差别(P0.05)。只有一种单体型(TACGAC)在脊柱裂组和对照组有显著差别(P0.05),此外,探讨还发现"CGTGGT"这种单体型是无脑儿独有的,提示其和无脑儿强烈的相关性。2.我们对MassARRAY分子量阵列浅析平台中的iPLEX Gold SNP Genotyping系统中检测CNV的策略进行了改善,结果表明改善后的策略准确性高,操作简便,适用范围更广。3.对PARD3基因25个外显子的CNV检测表明,第21和25号外显子病例和对照组均有拷贝数增加,两组无显著差别。第14号外显子病例组有一杂合性缺失,在人类基因组拷贝数数据库(database of genomic variants, D)中未发现此微缺失的报道。其余外显子未检测到拷贝数变异。对6种组织(脊髓,肝,心,肺,肾,皮肤)的检测结果表明,第14号外显子的杂合性缺失无组织特异性。用PCR后测序的策略,我们明确了这一杂合性缺失的确切位置。用Western blotting策略,检测了心和肾组织中蛋白的表达,结果显示,这一杂合性缺失显著降低了100kDa异构体蛋白的表达。结论PARD3基因上6个SNP与中国山西出生缺陷高发区NTDs的发生相关,这种相关性受NTDs表型的影响。PARD3基因外显子区CNV在中国山西出生缺陷高发区人群较少见,本探讨发现并鉴定了第14号外显子微缺失及确切位置,这种缺失导致PARD3蛋白功能转变,可能是无脑儿的致病理由之一。本探讨结果初步揭示了极性蛋白基因PARD与NTDs发生的相关性。关键词：PARD3论文神经管畸形论文单核苷酸多态性论文拷贝数变异论文相关性探讨论文
本论文由www.7ctime.com,需要论文可以联系人员哦。论文导读：组织特异性检测593.2.11第14号外显子杂合性缺失对蛋白表达的影响59-613.3结果61-673.3.1资料的一般信息613.3.2PARD3基因25个外显子的拷贝数61-633.3.ARD3基因14号外显子杂合性缺失的验证63-643.3.4PARD3基因14号外显子杂合性缺失的组织特异性64-653.3.5PARD3基因14号外显子杂合性缺失对蛋白表达的影响65-673.4讨论
目录3-6
英文缩略词表6-8
中文摘要8-11
英文摘要11-14
引言14-17
第一部分 PARD3基因单核苷酸多态性与神经管畸形发生的相关性探讨17-39

1.1 前言17-18

1.2 材料和策略18-27

1.2.1 主要仪器和设备18

1.2.2 主要试剂18-19

1.2.3 探讨对象19

1.2.4 标本的管理19-21

1.2.5 SNP位点的选择21-22

1.2.6 SNP位点的基因分型22-25

1.2.7 统计学浅析25-27

1.3 结果27-37

1.3.1 各组资料的一般信息27

1.3.2 PARD3基因各SNPs位点的一般信息27-30

1.3.3 PARD3基因SNP与NTDs的相关性浅析30-35

1.3.4 PARD3基因单体型与NTDs的相关性浅析35-37

1.4 讨论37-39

第二部分 用MassARRAY检测CNV的策略学探讨39-53

2.1 前言39-42

2.2 材料和策略42-47

2.1 主要仪器和设备42

2.2 主要试剂42-43

2.3 探讨对象43

2.4 实验策略43-46

2.5 实时定量PCR验证46-47

2.3 结果47-51

2.4 讨论51-53

第三部分 PARD3基因拷贝数变异与神经管畸形发生的相关性探讨53-69

3.1 前言53-55

3.2 材料和策略55-61

3.

2.1 主要仪器和设备55

3.

2.2 主要试剂55-56

3.

2.3 主要试剂的配制56-57

3.

2.4 探讨对象57

3.

2.5 标本的管理57

3.

2.6 PARD3基因拷贝数变异检测57-58

3.

2.7 统计学浅析58

3.

2.8 real-time PCR验证58-59

3.

2.9 第14号外显子杂合性缺失的PCR验证59

3.

2.10 第14号外显子杂合性缺失的组织特异性检测59

3.

2.11 第14号外显子杂合性缺失对蛋白表达的影响59-61

3.3 结果61-67

3.1 资料的一般信息61

3.2 PARD3基因25个外显子的拷贝数61-63

3.3 PARD3基因14号外显子杂合性缺失的验证63-64

3.4 PARD3基因14号外显子杂合性缺失的组织特异性64-65

3.5 PARD3基因14号外显子杂合性缺失对蛋白表达的影响65-67

3.4 讨论67-69

全文总结69-71
展望71-72
参考文献72-79
文献综述一79-88
参考文献85-88
文献综述二88-106
参考文献100-106
博士期间文章发表情况106-107
致谢107-108