研究基因鸡MHCⅠ类基因遗传多态性

论文导读：
摘要：为了解鸡MHC基因中与疾病高度相关的BF1基因和BF2基因DNA结构的特点，选择已知遗传背景的实验鸡品系和未知遗传背景的地方鸡种为对象，对鸡MHC-BF基因全长基因组DNA序列进行了探讨。结果如下：（1）家鸡中有着完整BF1基因缺失现象，体现为BF1基因缺失纯合子和缺失杂合，首次提出缺失位置始于Enhancer A第1个碱基，至于TAP1基因上游-158bp处，总长3196bp；（2）BF1基因分为A、Adel和B3类，决定6种基因型，分别为AA、AdelAdel、AAdel、AB、AdelB和BB；（3）得到了2套BF1基因缺失筛选案例和1套测序案例；（4）得出对未知遗传背景F1基因缺失筛选前，不能直接探讨MHC-BF第2外显子和第3外显子，也不能将BF1基因分段进行扩增，且基因缺失筛选PCR产物不能小于3511bp；（5）获得了BF1基因和BF2基因全长序列，共得到22条新单倍型，其中BF1基因和BF2基因共享单倍型有15个，BF1基因特有单倍型有4个，BF2基因特有单倍型有3个；（6）将BF1基因全长以2052bp扩至2058bp，变异位点以186增加到236个。其中CDS区增加了29个位点，NCS区增加了21个位点；（7）将BF2基因全长以2026bp扩至2035bp，扩大了9bp。除第3内含子外共发现变异位点236处，CDS区变异位点增加了47处。关键词：鸡论文MHC论文基因缺失论文BF论文基因论文遗传多态性论文
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Summary5-6
目录6-8
第一部分 文献综述8-20
1．中国家禽遗传资源概况8-11

1.1 中国地方鸡种分布及肉禽业进展8-9

1.2 家鸡与原鸡亲缘联系9-10

1.3 部分鸡品种介绍10-11

1.3.1 丝羽乌骨鸡10-11

1.3.2 德化黑鸡11

2．鸡 MHC 概述11-15

2.1 MHC 的概述11

2.2 鸡 MHC 提出11-12

2.3 鸡 MHC 结构进展历程12-13

2.4 鸡 MHC I 类、II 类和 IV 类基因13-15

2.4.1 鸡 MHC I 类基因13-14

2.4.2 鸡 MHC II 类基因14

2.4.3 鸡 MHC IV 类基因14-15

2.5 鸡 MHC Y 区基因15

3．鸡 MHC B 单倍型及其与鸡传染性疾病的联系15-18

3.1 B 单倍型命名15-16

3.2 B 单倍型与传染性疾病之间的联系16-18

3.

2.1 B 单倍型与马立克氏病的联系17

3.

2.2 B 单倍型与禽白血病（AL）等疾病的联系17-18

4．鸡 MHC-BF 基因探讨进展18-19

4.1 BF1 和 BF2 基因扩增策略探讨18-19

4.2 鸡 MHC-BF 单倍型探讨19

5．本探讨的目的和作用19-20
第二部分 材料与策略20-29
1．实验材料20-22

1.1 样品来源20

1.2 主要试剂20-21

1.3 仪器设备21

1.4 溶液配制21-22

2．实验策略22-29

2.1 血液 DNA 提取22-23

2.2 DNA 浓度浓度和质量检测23

2.3 PCR 引物设计及扩增23-25

2.3.1 鸡 MHC-BF 基因相似区域确定23-24

2.3.2 BF1 基因全长扩增24

2.3.3 BF2 基因全长扩增24-25

2.3.4 未知序列 Gap 区补充引物25

2.4 PCR 反应系统25

2.5 鸡 MHC-BF 基因测序引物25-26

2.6 克隆操作历程26-28

2.6.1 PCR 产物纯化步骤26-27

2.6.2 连接和转化步骤27-28

2.7 数据浅析28-29

第三部分 结果与浅析29-50
1．DNA 提取结果29
2．BF1 基因全长扩增29-33

2.1 BF1 基因缺失筛选29-30

2.2 群体内基因型和基因型频率统计30-33

3．BF2 基因全长扩增33
4．鸡 MHC-BF 基因新单倍型确定33-36
5．鸡 MHC-BF 基因 5’UTR 和 3’UTR 序列浅析36-37
6．BF1 基因多态性浅析37-42

6.1 缺失 BF1 基因序列浅析—B 基因37-38

6.2 正常 BF1 基因序列浅析—A 和 Adel基因38-41

6.

2.1 BF1 基因编码区多态性浅析38-39

6.

2.2 BF1 基因高变区多态性浅析39-40

6.

2.3 BF1 基因高变区聚类浅析40-41

6.3 BF1 基因聚类浅析41-42

7. BF2 基因多态性浅析42-46

7.1 BF2 基因编码区多态性浅析42-43

7.2 BF2 基因高变区多态性浅析43-45

7.

2.1 BF2 基因高变区遗传聚类浅析44-45

7.3 BF2 基因聚类浅析45-46
8．BF1 和 BF2 遗传聚类浅析46-47
9. BF1 和 BF2 基因内特殊结构统计47-50
9.1 BF1 和 BF2 基因内插入缺失47-48
9.2 BF1 和 BF2 Poly G 确定48-49
9.3 BF1 和 BF2 基因 3’UTR 中 Gap 区补充49-50
9.

3.1 BF1-B19 Gap 区补充49

9.

3.2 BF2-B19 和 BF2-B24 Gap 区补充49-50

第四部分 讨论50-53

1. BF2-B24 序列不一致性讨论50

2. BF1 和 BF2 基因测序策略的经济性50

3. BF1 缺失现象真实性50-51

4. 鸡 MHC-BF 基因扩增策略51

5. 影响 BF1 基因低表达的理由51-52

6. BF 基因高变内含子出现和保守序列一致性52-53

第五部分 结论53-54
参考文献54-62
附录62-72
致谢72-73
作者介绍73-74
导师介绍74-76