浅论使用蒙特卡洛模拟海南黎族和广西壮族群体进化历史-生

论文导读：利用MS程序模拟黎族发生瓶颈效应的模型32-345.3.1黎族和壮族分歧模型32-335.3.2瓶颈效应中利用的随机数33-34第六章结果与讨论34-39附录39-56附录1：包含瓶颈效应模型模拟所利用的随机数39-44附录2：包含瓶颈效应模型模拟脚本44-56参考文献56-59致谢59-60
摘要：地中海贫血是一种常见人类常染色体单基因遗传病。β-地中海贫血在中国南方普遍有着,其中海南黎族人中β-珠蛋白基因的突变几乎都是CD42/42(-CTTT)缺失,同时这种突变频率高达8.16%,而广西壮族的β-珠蛋白基因CD42/42(-CTTT)突变频率仅为2.53%。我们通过探讨海南黎族和广西壮族的群体的基因频率的变化来推导这两个群体的历史进化历程。我们通过构建模型探讨发现,β-珠蛋白基因CD42/42(-CTTT)突变受到的是平衡选择,在选择系数为0.0132的附均似然值达到峰值,由于选择系数0.0131的方差大于0.0132。通过比较海南黎族和广西壮族群体的测序得到的线粒体序列计算出的群体遗传学的统计量和利用MS程序模拟产生的两个群体样本的统计量,利用最大似然法,不考虑群体历史因素时,推测出海南黎族以广西壮族中迁移到时间大约发生在4100年前左右。浅析两个群体的联合突变频谱推断海南黎族群体发生瓶颈效应,构建含有黎族群体瓶颈效应的模型,推断海南黎族以广西壮族中迁移到时间大约发生在2300年前左右。当海南黎族发生瓶颈效应时海南黎族的群体大小为1000,瓶颈效应持续时间大约是200年。这是首次利用真实的历史的人口数据和海南黎族和广西壮族群体核基因以及线粒体数据模拟两个群体的历史变化历程。利用联合突变频谱浅析群体历史。关键词：群体遗传学论文蒙特卡洛模拟论文最大似然法论文瓶颈效应论文群体历史论文
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Abstract4-6
目录6-8
第一章 引言8-12

1.1 地中海贫血概述8-9

1.2 群体遗传学推演群体演化历史的基本逻辑9

1.3 广西壮族与海南黎族地理历史9-10

1.3.1 广西壮族的地理历史环境9-10

1.3.2 海南黎族的地理历史环境10

1.4 广西壮族和海南黎族同地中海贫血联系与探讨作用10-12

第二章 探讨数据及来源12-16

2.1 实验数据及来源12

2.2 历史人口数据及来源12-16

第三章 群体遗传学的相关概念16-21

3.1 有效群体数16

3.2 遗传漂变16-17

3.3 迁移17

3.4 自然选择17-18

3.5 中性进化18

3.6 赖特-舍菲特模型18-19

3.7 蒙特卡洛模拟19-20

3.8 最大似然法(Max-mum Likephood Simulation)20-21
第四章 模拟工具MS程序介绍21-26

4.1 MS程序介绍21

4.2 MS程序编译与随机数发生器介绍21-22

4.3 MS程序输出介绍22-26

4.

3.1 数据形式22-24

4.

3.2 基本模型介绍24

4.

3.3 根据历史数据计算MS参数24-25

4.

3.4 模型中的参数说明25-26

第五章 蒙特卡洛模拟浅析26-34

5.1 核基因数据浅析平衡选择系数26-27

5.2 利用MS程序模拟不含瓶颈效应的模型27-32

5.

2.1 浅析数据的单倍型28-29

5.

2.2 浅析数据的突变频谱29-31

5.

2.3 浅析数据的π值和θ值31-32

5.3 利用MS程序模拟黎族发生瓶颈效应的模型32-34
5.

3.1 黎族和壮族分歧模型32-33

5.

3.2 瓶颈效应中利用的随机数33-34

第六章 结果与讨论34-39
附录39-56
附录1：包含瓶颈效应模型模拟所利用的随机数39-44
附录2：包含瓶颈效应模型模拟脚本44-56
参考文献56-59
致谢59-60