阐述西沙珊瑚疾病调查与扁枝滨珊瑚微生物群落结构-

论文导读：203结果与讨论20-273.1普哥滨珊瑚Poritespukoensis患病情况20-223.2扁枝滨珊瑚Poritesandrewsi患病情况22-233.3其他珊瑚患病情况23-274结论27-29第三章扁枝滨珊瑚的微生物群落结构的DGGE浅析29-521材料与策略29-391.1主要仪器设备291.2实验材料的来源29-301.3主要试剂配制30-331.4取样33-341.5细菌分离与计数
摘要：本论文记录了2010年5月至10月及2011年4月至8月在西沙群岛海域开展珊瑚疾病调查的结果,发现普哥滨珊瑚(Porites pukoensis)、扁枝滨珊瑚(Porites andrewsi)、蔷薇珊瑚(Montipora spp.)、杯形珊瑚(Pocillopora spp.)、鹿角珊瑚(Acropora spp.)、菊花珊瑚(Goniastrea spp.)、澄黄滨珊瑚(Porites lutea)和滨珊瑚(Porites spp.)等共14种珊瑚主要出现了白化病、白斑病、黑化病、炎症样病症、粉红颗粒状综合症等9种不同症状的疾病,目前该海区为珊瑚疾病的频发区。其中,普哥滨珊瑚的炎症样病症和扁枝滨珊瑚的白化病最为常见。普哥滨珊瑚炎症样病症主要出现在永兴岛附近海区,患病部位有着大量脓样分泌物,患病部位水螅体生长正常、萎缩或缺失,有时骨骼部分缺失,患病部位面积一般为0.4～2.4cm2；该疾病由机械损伤或其它理由引起,因机械损伤引起的伤口一般在2-3个月可以恢复,其中小面积伤口的物质可在10-20d内消失、伤口基本恢复正常,而其它理由产生的物质需1-3个月才能消失,有的甚至在观察期内无显著变化。扁枝滨珊瑚的白化病出现在七连屿一带的扁枝滨珊瑚分布区,该病有着整枝完全白化、局部大面积白化、散布白色斑点三种情况,白化部位水螅体缺失。以扁枝滨珊瑚提取微生物宏基因组DNA,通过采取PCR-DGGE技术及序列浅析,结果表明,在64条序列中有34条为可培养细菌,30条为不可培养细菌,它们分别与以下种亲缘联系最近：Vibrio communis、Vibrio harveyi、Vibrio penaeicida、Vibrio parahaemolyticus、Vibrio sp.、Mucus bacterium、Vibrio fortisstrain、PseudoAlteromonas sp.、Uncultured bacterium、Uncultured Alteromonas sp.、Uncultured alpha proteobacterium,其中白化扁枝滨珊瑚的亲缘联系最近的优势种群为Vibrio harveyi、Vibrio penaeicida、Vibrio parahaemolyticus、Vibrio sp.、 Vibrio cambelpi,经2216E培养基培养的珊瑚微生物亲缘联系最近的优势菌为Alteromonas sp.,经TCBS培养基培养的珊瑚微生物亲缘联系最近的优势菌为Pseudo Alteromonas sp.。本论文为我国西沙海域珊瑚疾病的首次报道,可为今后开展西沙珊瑚疾病防治探讨提供参考。关键词：西沙群岛论文珊瑚论文疾病论文DGGE论文
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Abstract5-6
目录6-8
第一章 前言8-18

1. 珊瑚及疾病的探讨进展8-16

1.1 珊瑚礁生态系统介绍8

1.2 珊瑚礁的探讨近况8-9

1.3 珊瑚主要疾病类型及探讨进展9-15

1.3.1 白色瘟疫(White plague)的探讨10-11

1.3.2 溶珊瑚弧菌引发的白化疾病(VCB)的探讨11

1.3.3 白斑病(White pox)的探讨11

1.3.4 白带病(white band disease)的探讨11-12

1.3.5 鹿角珊瑚Acropora spp.的疾病探讨12-15

1.4 宿主、病原、环境、疾病之间的联系15-16

2 变性凝胶梯度电泳DGGE技术16-17
3 本论文探讨技术路线17
4 本论文探讨目的17-18
第二章 西沙群岛造礁石珊瑚疾病调查18-29
1 引言18-19
2 调查地点和调查策略19-20

2.1 调查地点19

2.2 调查策略19-20

2.3 采样、拍照和测量20

3 结果与讨论20-27

3.1 普哥滨珊瑚Porites pukoensis患病情况20-22

3.2 扁枝滨珊瑚Porites andrewsi患病情况22-23

3.3 其他珊瑚患病情况23-27

4 结论27-29
第三章 扁枝滨珊瑚的微生物群落结构的DGGE浅析29-52
1 材料与策略29-39

1.1 主要仪器设备29

1.2 实验材料的来源29-30

1.3 主要试剂配制30-33

1.4 取样33-34

1.5 细菌分离与计数34

1.6 扁枝滨珊瑚细菌DNA提取34-35

1.7 珊瑚细菌宏基因组16SrDNA PCR扩增35

1.8 琼脂糖凝胶电泳35

1.9 DGGE水平电泳35-36

1.10 DGGE电泳步骤36-37

1.11 DGGE切胶回收37

1.12 PCR再扩增产物的连接、转化与阳性克隆筛选37-38

1.12.1 PCR产物与载体连接、转化37-38

1.12.2 阳性单克隆筛选38

1.12.3 PCR检测38

1.12.4 PCR反应参数38

1.13 系统发育树的构建策略38-39

1.14 系统发育树的构建39

2. 结果与浅析39-49

2.1 微生物群落的DGGE电泳及割胶回收39-40

2.2 不同样品的微生物群落组成结构40-41

2.3 不同微生物样品聚类浅析41-42

2.4 DGGE条带测序结果及相似序列信息42-44

2.5 系统发育树44-46

2.6 DGGE测序结果浅析46-49

3 讨论49-52
参考文献52-59
作者在读期间论文发表情况59-60
致谢60-61